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更新于 10-16 09:47

技能介绍

用途:对经批次校正、已降维的肿瘤单细胞 AnnData 进行肿瘤微环境(TME)细胞状态注释,使用 MetaTiME 预训练元组件(MeCs)。流程为“过度聚类 → 打分 → 写回”,输出每个细胞的 obs['MetaTiME'](细粒度状态)与 obs['Major_MetaTiME'](粗分类)。元组件可跨队列迁移,同一标签在不同队列中生物学含义一致。

主要能力:一、构造 ov.single.MetaTiME(adata, mode='table'),用内置查找表将 MeC 分数映射为细胞状态标签;二、overcluster(resolution=8, clustercol='overcluster') 执行高分辨率 Leiden 聚类,写入 adata.obs['overcluster'];三、predictTiME(save_obs_name='MetaTiME') 对各簇针对全部 MeC 打分,写入细粒度与粗分类标签;四、plot(cluster_key='MetaTiME', basis='X_mde', dpi=80) 内置带标签避让的散点图;五、辅助函数 ov.utils.mde(matrix) 生成 MDE 二维投影,速度快于 UMAP。

使用方式:输入为含批次校正低维表示的 AnnData(如 X_scVI、X_harmony),.X 需 log 归一化,var_names 须为人类基因符号,队列须为人类。参考流程:加载 adata,计算 obsm['X_mde'],构造 MetaTiME 对象,overcluster(resolution=8),predictTiME(save_obs_name='MetaTiME'),再用内置 plot 或 sc.pl.embedding 可视化。resolution 可按队列规模调整:小队列 4–6,大队列 10–12。

适用场景与限制:MetaTiME 的 MeC 源自肿瘤数据,最适用于 TME 场景;非肿瘤组织可解析但解释不直接。必须使用批次校正数据,否则批次效应主导聚类。批次校正本身、其他注释工具(CellTypist 等)、Cell Ontology 映射与多注释共识投票均属其他技能。输入缩放而非 log 可能导致打分异常。具体收费、价格与平台信息暂未提供。