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omicverse-single-cell-cellphonedb-communication

数据与分析

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更新于 10-16 02:38

技能介绍

用途:在单细胞 AnnData 上运行可复用的 CellPhoneDB 细胞通讯分析流程,并把结果接入 CellChat 风格可视化。核心对象是处理后的 CellPhoneDB 结果 adata_cpdb,而非某个教程数据集。

主要能力:ov.single.run_cellphonedb_v5(...) 执行 CellPhoneDB 统计分析,返回原始结果 dict 和可视化就绪的交互 AnnData;ov.pl.CellChatViz(adata_cpdb, palette=...) 初始化可视化对象。下游分支包括 compute_aggregated_network(交互数量与权重矩阵)、compute_pathway_communication(mean/sum/max/median 聚合)、get_significant_pathways_v2(通路排序)、netVisual_aggregate(layout='circle' 或 'hierarchy')、netVisual_chord_cell(弦图)、extractEnrichedLR(富集配体-受体对)、netVisual_bubble_marsilea(气泡图)、netAnalysis_computeCentrality(中心性)、netAnalysis_signalingRole_heatmap(pattern='outgoing' 或 'incoming')。

使用方式:先检查细胞类型列、基因符号约定与表达矩阵是否兼容;CellPhoneDB 数据库可自动下载。典型流程为使用 log-normalized 数据、避免 scaled 数据,调用 run_cellphonedb_v5 后初始化 viz,再按用户需求选择聚合网络、通路、气泡、弦图或信号角色分支。示例:cpdb_results, adata_cpdb = ov.single.run_cellphonedb_v5(adata, cpdb_file_path=cpdb_db, celltype_key="cell_type", iterations=1000, pvalue=0.05);viz = ov.pl.CellChatViz(adata_cpdb, palette=palette)。

限制:不吸收预处理、注释或轨迹流程;默认不拆分为多个技能,仅当用户已有有效 CellPhoneDB 可视化 AnnData 且只要可视化时才拆出。需验证 layers 含 means/pvalues、obs 含 sender/receiver、var 含交互分类元数据;若 compute_pathway_communication 无通路,检查过滤阈值。参数细节、数据库版本、收费与平台支持暂未提供。