用途：对两个 obs_names 顺序完全一致的 AnnData（一个为微生物/ASV/OTU 计数，一个为代谢物强度）做配对整合，寻找跨样本共变的微生物—代谢物对。
主要能力：
- Spearman 配对相关 paired_spearman，输出 microbe、metabolite、r、pvalue、fdr_bh，速度快，适合候选筛查。
- CCA paired_cca，求线性典型成分与典型相关系数，适合少量可解释共享模式。
- MMvec，PyTorch 低秩模型，输出共现矩阵、条件概率 P(metabolite|microbe)、潜空间双标图与 top_pairs。
- 模拟验证 simulate_paired 与绘图 plot_paired_method_comparison；绘图辅助 plot_mmvec_training、plot_cca_scatter、plot_cooccurrence、plot_embedding_biplot。
- 内置真实演示数据 fetch_franzosa_ibd_2019。
用法要点：先保证两个 AnnData 的 obs_names 同序；建议先筛到可控规模（如按总计数取前 150 微生物、按方差取前 200 代谢物）；默认 clr_microbe=True、log1p_metabolite=True。先跑 Spearman 作为基准，再按需运行 CCA 或 MMvec。MMvec 常用 n_latent=3–5、epochs=600、patience=80、val_frac=0.15、seed 固定；样本少于 30 可用 val_frac=0.0。
适用场景：同一批样本的微生物组与代谢组关联探索、生成假设、方法对比与图件绘制。
限制：仅报告关联，不做因果或中介分析；不负责构建单模态 AnnData；三模态及以上联合分解不在此技能范围；微生物—宿主基因表达整合未捆绑。收费、价格与平台信息暂未提供。