用途:把 LC-MS 峰表(m/z+RT 特征)或脂质组学矩阵(LIPID MAPS 简写变量名)读入 AnnData,运行两条下游路径:非靶向代谢组的峰注释与 mummichog 通路推断,以及脂质组的类别解析、类别聚合与 LION 富集。前提是上游预处理(插补/归一化/取对数)已执行,本技能不负责。
主要能力:read_lcms 解析 m/z 与 RT 到 var['m_z']、var['rt'];annotate_peaks 按加合物与 ppm 容差匹配 KEGG/ChEBI 候选;mummichog_basic 为纯 Python 实现(KEGG 通路库、可设 seed),mummichog_external 封装上游 mummichog PyPI 包(需 pip install mummichog);parse_lipid 解析 LIPID MAPS 简写,annotate_lipids 添加 lipid_class、total_carbons、total_db;aggregate_by_class 生成类别水平矩阵;lion_enrichment 做 LION 脂质本体过表达富集,fetch_lion_associations 获取本体。识别 PC、PE、PS、PG、PI、PA 及 lyso 变体,SM、Cer、GlcCer 等鞘脂,TAG/TG、DAG/DG、MAG/MG,CE、FA、Chol、BMP。
使用方式:read_lcms(path, feature_id_sep='/', ...) 需按文件实际分隔符传入;mummichog 输入为等长的 mz(道尔顿)与 pvalue 一维数组,需保证长度与顺序一致;通路库与质量库可预先 load_pathways()、fetch_chebi_compounds() 后复用以免重复联网。
适用场景:非靶向 LC-MS 峰表通路推断、脂质名称解析与类别汇总、LION 富集。
限制:仅支持 sum-composition 水平脂质解析,不支持 sn-1/sn-2 全分辨率靶向脂质组;极性需与采集模式一致,混合极性需分别处理;命名代谢物的 ID 映射与 MSEA 富集、多变量分析、预处理链均在其它技能中。未提供的收费、价格、平台支持信息暂未提供。