用途:当用户希望从 bulk RNA-seq 数据出发、配合匹配的参考 scRNA-seq 图谱重建单细胞表达谱时使用。流程参照 t_bulk2single.ipynb,演示如何整合 PDAC bulk 重复样本、训练 beta-VAE 生成器,并将输出细胞与齿状回 scRNA-seq 做基准比较。
主要能力:整合 TAPE 进行细胞比例估计;通过 lazy 预处理对齐 bulk 与 single 特征空间;训练或加载 beta-VAE 生成合成细胞;使用 filtered(leiden_size=25)降噪;生成 PCA 嵌入;用 bulk2single_plot_cellprop、bulk2single_plot_correlation 等评估生成细胞与参考图谱的细胞类型组成和相关性;支持 MDE 嵌入可视化。
使用方式:导入 omicverse as ov 等库并调用 ov.plot_set();用 ov.read 读取 bulk 计数表,经 ov.bulk.Matrix_ID_mapping 统一基因标识;加载参考 AnnData 并确认 obs['clusters']。实例化 ov.bulk2single.Bulk2Single(...),指定 bulk_group、celltype_key、top_marker_num、ratio_num、gpu(gpu=-1 为 CPU)。依次调用 predicted_fraction、bulk_preprocess_lazy、single_preprocess_lazy、prepare_input,再 model.train(...) 训练 beta-VAE,或用 model.load('.../dg_vae.pth') 恢复;用 plot_loss 监控,model.generate() 生成,filtered 过滤,再写入 h5ad 并做基准比较。
适用场景与限制:适用于 bulk 与参考 scRNA-seq 配对的从头重建与评估。lazy 预处理预期原始 counts,若已做 log 标准化则应手动提供对齐矩阵。CPU 训练可能耗时数小时,建议使用 CUDA。marker 选择失败可提高 top_marker_num 或提供自定义 marker 列表;比对错误常源于 bulk_group 名称与矩阵列名不匹配。运行前应检查基因重叠超过 100、bulk_group 列存在及 celltype_key 存在。具体数据集、权重与检查点链接见教程页;价格、收费、平台与效果等资料暂未提供。