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Skill 广场rfd4-proteina-nim

rfd4-proteina-nim

智能体与模型

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更新于 10-22 12:41

技能介绍

用途

RFD4-Proteina NIM 技能围绕已发布的 RFD4-Proteina NIM 模型，提供蛋白质结构与序列联合设计的调用封装，覆盖条件生成、基序与酶支架、抗体/CDR 设计、部分扩散、逆折叠以及奖励引导的束搜索等任务。该技能本身是一个 Python 辅助脚本，用于组织请求、提交推理并检查结果。

主要能力

  • 支持两类输入格式：annotated_cif（内联注释 mmCIF 文件）与 condition_spec（解析后的条件对象及完整附件文件）。
  • 支持条件生成：用户需在输入中编码目标、残基选择、条件、种子与重复次数；即使是无条件生成也需要合适的输入模板。
  • 支持托管与本地两种调用目的地：托管使用 NVIDIA 固定端点，本地使用用户自建的 NIM 服务。
  • 支持预检（--dry-run）、单次提交与离线提取已保存响应（--response-json）。
  • 输出包括请求原始字节、传输信息、原始响应、解析后的响应、设计结构 design_0000.cif、可选 sequences.fasta 及含逐设计指标与诊断的 summary.json。

使用方式

前置条件：Python 3.10 或更新版本，客户端仅使用标准库。托管推理需要从产品页面获取密钥，并设置为 NVIDIA_API_KEY（NGC_API_KEY 可作为回退）；密钥应通过用户的秘密管理机制提供，不应出现在提示或命令行参数中。离线准备与保存响应提取不需要凭据。

基本命令示例：

python scripts/design.py --dry-run \
  --request assets/requests/16_ppi_binder.json \
  --output-dir /tmp/rfd4-binder-prepared

python scripts/design.py --mode hosted \
  --request assets/requests/16_ppi_binder.json \
  --output-dir /tmp/rfd4-binder-run

python scripts/design.py --mode local --base-url http://localhost:8000 \
  --request assets/requests/16_ppi_binder.json \
  --output-dir /tmp/rfd4-local-run

每次运行应选择新的输出目录。--dry-run 只做基本线路检查，不提交请求，也不生成设计。已保存响应提取会将来源标记为 saved_response，不代表新的推理运行。

端点说明：托管端点为 https://health.api.nvidia.com/v1/biology/ipd/rfd4-proteina/generative，使用 Bearer 认证；本地端点为 http://localhost:8000/biology/ipd/rfd4-proteina/generative，本地模式不发送 API 密钥。本地基址优先级为 --base-url、RFD4_NIM_URL、http://localhost:8000。

适用场景

适用于需要基于给定靶标或条件生成蛋白质结构/序列候选的研究与设计流程，包括蛋白质结合物、小分子结合物、基序支架、酶支架、抗体 CDR 设计、部分扩散、逆折叠以及奖励引导搜索。公开示例请求对应 PD-1 靶标，可作为完整请求示例，但不能替代用户自己的靶标输入。

限制

  • 条件规格无法从服务器读取文件，需随请求提供完整文件。
  • 框架与靶标保留必须编码在输入中，不能凭空指定结合物任务；蛋白质结合物应使用生成任务，而不是自造任务名。
  • 不得将 mmCIF 替换为 PDB，或使用旧版 RFdiffusion 字段（如 contigs、input_pdb、hotspot_res）。
  • 客户端只向固定托管端点转发凭据，不向本地 URL 或重定向发送；仅执行一次 POST，不自动重试。
  • 辅助脚本只检查基本响应完整性与服务器有限坐标标志，不证明折叠或结合；公开 API 没有内置重折叠预言机。生成结构应描述为未验证的设计候选，不得声称已验证结合、亲和力、折叠成功或实验活性，除非有独立证据。
  • 空指标表示不可用而非零；聚合计数可能少于返回设计数。
  • 退出码 0 仅表示离线准备或提取通过基本检查；退出码 3/HTTP 202 表示待处理，需保留请求 ID 并按服务文档获取完成状态，不得自行构造轮询 URL 或自动重发 POST；退出码 1 表示请求、传输、响应、校验或文件系统失败；退出码 2 表示 CLI 参数无效。401/403 应检查 API 密钥与服务权限；413 应检查请求大小、token 数、批次与搜索预算；422 应与已发布 API 或运行中容器的模式比对输入、任务、计划与指标；429、5xx 或超时应保留错误与 Retry-After，在确认原请求未被接受或已终止失败前不得重发。