RFDiffusion NIM 用于设计蛋白质骨架 PDB,适用于从头蛋白质、motif 支架和结合体(binder)设计。
主要能力:通过 contigs DSL 定义保留与生成区段,支持固定长度、范围、保留链段和链断裂;支持 de novo(如 contigs="80-120")、motif scaffolding(如 "A25-35/0 50-80")和 binder design(配合 hotspot_res,如 ["A50","A51"])。
使用方式:托管端点 https://health.api.nvidia.com/v1/biology/ipd/rfdiffusion/generate,需 Authorization: Bearer $NGC_API_KEY;本地端点 http://localhost:8000/biology/ipd/rfdiffusion/generate,本地路径不含 /v1/。本地 Docker 启动需先登录 nvcr.io,使用镜像 nvcr.io/nim/ipd/rfdiffusion:2,映射 8000 端口并挂载缓存目录,就绪检查为 curl -sf http://localhost:8000/v1/health/ready。请求体包含 input_pdb、contigs、diffusion_steps,可选 hotspot_res;返回 output_pdb 与 elapsed_ms。
限制:diffusion_steps 范围 1-50,50 为最高质量;单 GPU,显存约需 12 GB;hotspot_res 使用 "A50" 字符串格式;托管 de novo 需提供非空 input_pdb(可用 dummy PDB);422 通常表示链 ID 不匹配或 contig 格式错误;本地 404 常因误加 /v1/ 前缀。生成的骨架不是最终蛋白质,需交给 ProteinMPNN 做序列设计,再用 Boltz2 或 OpenFold3 验证。