rfd4-proteina-package

用途

本技能用于打包 RFD4-Proteina 设计活动中的选定成果，生成一个面向接收方的可分享 TAR 归档。其定位是交付归档，而不是第二套溯源系统：活动账本（campaign ledger）始终是权威来源，TAR 中只包含接收方检查选定设计与重折叠所需文件和说明。

输出格式

归档目录结构如下：

package/
├── README.md
├── WATERFALL.md
├── metrics.csv
├── inputs/
│   └── <input-name>.cif
└── outputs/
    └── <input-name>/
        └── <design-id>/
            ├── <design-id>__design.cif
            ├── <design-id>__<role>__<backend>__<prediction-id>__refold.cif
            └── <design-id>__<role>__<backend>__<prediction-id>__confidence.json

生成的设计是 oracle 输入和对齐参考，只包含一次。每个被复制的重折叠结构需通过叠加记录的关注链，变换到设计的坐标系中，然后只将对齐后的重折叠写入归档。存在置信度 JSON 时一并包含。不要添加数据库、清单、校验和文件、重复的原始/对齐结构、溯源 JSON、筛选结果表或对齐元数据文件。

前置条件

需要具备 AtomWorks、Biotite 和 NumPy 的 RFD4-Proteina Python 环境；以及已对账的活动账本及其归档结构。

模型命令、配置和上游手册使用用户在 RFPROTEINA_ROOT 处选择的模型检出。本目录包含的是技能，而非该检出。在辅助示例中，当目录与模型检出分离时，需将 open-models-skills/rfd4-proteina/<name>/... 解析为其绝对安装路径。

输入

必需：用户选定的现有数据库、不可变的标准集 ID、选定的设计、全新的归档目标位置。可选：包显示名称。从已对账的账本中读取关注链映射和实测值。

使用方式

确认不可变的标准集版本，以及选择范围是所有通过者还是明确定义的唯一通过者子集。
导入修正并针对所选标准集重新运行 evaluate-passers，然后对账活动账本。交付使用每个设计的最新决策及其确切证据；历史通过记录不覆盖较新的失败。遇到选定设计缺失、输入映射缺失、标准证据缺失或关注链对齐不明确时停止。
按精确的注释 CIF 输入对选定设计分组，并分配唯一、文件系统安全的名称。
复制每个注释 CIF 和设计。复制并对齐每个关联的 oracle 预测，在文件名中保留角色（on-target、命名 off-target、checkpoint）、后端和预测标识。将可用的置信度 JSON 复制到旁边。
写入 metrics.csv，每个设计一行，包含每个筛选器实际使用的数值。不要用布尔通过/失败列替换这些数值。
写入 WATERFALL.md，包含确切的指标、运算符、阈值、缺失策略，以及总体和每个输入的累计计数。
写入简短的 README.md，创建 TAR，重新打开并验证其预期路径和设计/输入的一对一分组。

构建或审查归档时阅读 references/package-format.md；对齐重折叠前阅读 references/alignment.md。

示例

python open-models-skills/rfd4-proteina/rfd4-proteina-package/scripts/package_campaign.py --help

构建器仅在构造归档时读取活动数据库。归档本身是纯目录树，由 Markdown、CSV、CIF 和可选 JSON 文件组成。压缩的源结构在归档中解码为普通 CIF；切勿将 gzip 或 Zstandard 字节以普通 .cif 文件名复制。

可用脚本

脚本	用途	参数
scripts/package_campaign.py	从现有账本构建 TAR	--database、--criteria-set、--output；可选 --package-name

限制

对齐需要明确记录且无歧义的关注链映射。打包保留实测证据，但不验证生物学主张，也不修复缺失的溯源信息。

故障排除

遇到归档文件缺失、指标未对账或对齐不明确时停止。先解决账本证据；如果归档已存在，选择新的目标位置。