用途：该技能帮助用户找到合适的 NVIDIA Parabricks pbrun 命令、评估运行时环境是否就绪，并为单个工具或流程生成与版本匹配的命令指引。它不用于整条工作流的检查、加速规划或可选 GPU 分支的接线，这类流水线级任务应使用 genomics-workflow-acceleration。
主要能力：按数据类型和目标路由 pbrun 工具，覆盖 applybqsr、bam2fq、bamsort、bqsr、fq2bam、fq2bam_meth、giraffe、markdup、minimap2、rna_fq2bam、starfusion、germline、deepvariant_germline、haplotypecaller、deepvariant、somatic、mutectcaller、deepsomatic、pacbio_germline、ont_germline、pangenome_germline、pangenome_aware_deepvariant、prepon、postpon、bammetrics、collectmultiplemetrics、genotypegvcf、indexgvcf、dbsnp 等；提供 GPU、驱动、Docker、容器、存储和安装就绪评估；生成保守的 Docker 命令并校验路径、索引与输出。
使用方式：先确认 Parabricks 版本或容器标签，再分类请求——运行时问题读 runtime-environment.md，工具发现读 tool-index.md，具体命令读对应的 references/pbrun-<tool>.md。生成命令前需收集输入数据类型、测序技术、参考构建、样本结构、期望输出、目标版本/容器标签和运行时目标。运行时检查可运行 python3 skills/parabricks/scripts/check_parabricks_runtime.py，加 --path <dir> 指定已知输入/输出/临时路径，容器探测需用户同意。命令形态为 docker run --rm --gpus all --volume /host/input:/workdir --volume /host/output:/outputdir --workdir /workdir nvcr.io/nvidia/clara/clara-parabricks:<version> pbrun <selected-tool> <tool-specific-options>。
适用场景：单个 Parabricks 命令或工具族的排障、特定工具的 flag 与校验、运行时环境评估。
限制：不安装 Parabricks，不推断缺失的样本元数据，不保证输出一致性，不提供临床解读，无基准数据时不承诺确切运行时间。命令可用性与选项对版本敏感，不应仅凭命令名推断 flag，不应混用独立工具与完整流程，不应以 DNA fq2bam 替代 RNA 或以 germline 替代 somatic，不应编造样本名、read group、参考构建、已知位点文件、模型文件、图资源、容器标签或输出路径，不应安装或修改软件包，不应声称 Parabricks 工具可在 CPU 上执行，未经对比运行不应声称生物学或 VCF 一致性。