用途：OpenFold3 NIM 用于生物分子结构预测，支持蛋白质、DNA、RNA、小分子配体以及多实体组装体。技能文档提供托管与本地 NIM 两种使用方式，并附有 API、科学背景、参数、验证和示例等补充参考文件。
主要能力：单次请求接受一个输入，每个输入可包含 1-32 个分子对象，类型为 protein、dna、rna 或 ligand。蛋白质与 RNA 的 MSA 可选，提供时对齐内容须以 FASTA 头（如 >query\n序列）开头。配体可用 smiles 或 ccd_codes（如 ATP）。diffusion_samples 取 1-5，output_format 为 pdb 或 cif。返回结果含结构及 confidence_score、complex_plddt_score、ptm_score、iptm_score、complex_pde_score 等评分。
使用方式：托管地址为 https://health.api.nvidia.com/v1/biology/openfold/openfold3/predict，请求头需 Authorization: Bearer $NGC_API_KEY。本地地址为 http://localhost:8000/biology/openfold/openfold3/predict，就绪检查为 http://localhost:8000/v1/health/ready，本地预测路径不带 /v1/ 前缀。本地 Docker 启动需 NGC_API_KEY（或 NVIDIA_API_KEY 回退）与 LOCAL_NIM_CACHE，挂载缓存到 /opt/nim/.cache，默认单 GPU 使用 --gpus "device=0"，端口绑定 127.0.0.1:8000:8000。首次启动会从 nvcr.io 下载约 10-15 GB 模型权重。
限制：每请求仅 1 个输入；分子数 1-32；扩散采样 1-5。TensorRT 路径支持较短序列，PyTorch 路径可支持更长序列但需更多显存；约 1800 残基以上序列需至少 80 GB 显存。本地 NIM 仅支持单 GPU。常见错误包括 401（密钥问题）、422（分子类型、序列字符、MSA 形状或采样数不合法）、本地 404（URL 误带 /v1/）及显存不足。
适用场景：需要预测蛋白质、核酸、配体或多实体复合物结构的科研与工程任务。