SuperAPI AI 工具集

openfold2-nim

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更新于 10-16 02:33

技能介绍

用途:OpenFold2 NIM 用于从氨基酸序列预测单个蛋白质链的三维结构,可选传入 A3M 多序列比对和 mmCIF 模板。它仅支持单体;蛋白-配体、蛋白-DNA/RNA 或多链复合物应改用 OpenFold3 或 Boltz2。

主要能力:支持托管 NVIDIA API 与本地 Docker NIM 两种模式,二者预测路径相同,仅本地路径不含 /v1/。托管请求需 Authorization: Bearer $NGC_API_KEY;本地就绪后推理请求无需认证头。可选参数包括 input_id、alignments、selected_models、relax_prediction、use_templates、explicit_templates。selected_models 选择 1-5 号参数集,冒烟测试选一两个,生产可用全部五个。自 2.0.0 起模板使用 explicit_templates 传 mmCIF 内容。

使用方式:托管 URL 为 https://health.api.nvidia.com/v1/biology/openfold/openfold2/predict-structure-from-msa-and-template,本地为 http://localhost:8000/biology/openfold/openfold2/predict-structure-from-msa-and-template,本地就绪检查为 http://localhost:8000/v1/health/ready。建议用 Python requests 发送,避免 curl 转义问题。本地 Docker 使用官方镜像 nvcr.io/nim/openfold/openfold2:latest,挂载 LOCAL_NIM_CACHE 到 /opt/nim/.cache,需 NGC_API_KEY(或 NVIDIA_API_KEY 回退)。就绪检查命令:until curl -sf http://localhost:8000/v1/health/ready; do sleep 5; done。

输出与限制:响应按置信度返回每个所选模型一个预测,应保存结构文本字段与完整 JSON。序列长度方面,托管文档列出 1-1000,本地文档称支持硬件上最多 2048 残基。本地推荐至少 80 GB 磁盘、64 GB 内存、8 核 CPU 和一块受支持 GPU,容器约 55 GB,首次启动下载约 10 GB 参数。401 表示密钥问题,422 表示序列、A3M 或模板格式问题,本地 404 需去掉 /v1/。玩具序列和单序列 MSA 仅作冒烟测试,不构成质量证据。