用途：为蛋白质序列生成多序列比对（MSA），用于同源搜索、UniRef30/ColabFold env 数据库检索，输出可对接 OpenFold3、AlphaFold2、RoseTTAFold 等结构预测流程。
主要能力：提供标准 MSA、配对 MSA（用于蛋白复合物）和结构模板搜索三类接口。托管端点包括 https://health.api.nvidia.com/v1/biology/colabfold/msa-search/predict 与 .../paired/predict；本地端点形如 http://localhost:8000/biology/colabfold/msa-search/predict，本地路径不含 /v1/。托管请求需 Authorization: Bearer $NGC_API_KEY。
使用方式：本地部署需 GPU，可用 NIM_MODEL_PROFILE 选择数据库档位（databases:pdb70 约 100 MB、databases:uniref30 约 500 GB、databases:uniref30,pdb70,pdb 约 700 GB、databases:all 约 1.2 TB）。推荐先用 aria2c 并行下载数据库，再以 NIM_MODEL_NAME=/databases 挂载启动，避免内置下载器过慢。启动命令示例：docker run -d --name msa-search --runtime=nvidia --gpus all -e NGC_API_KEY -e NIM_MODEL_NAME=/databases -v "${DB_DIR}:/databases" -p 8000:8000 nvcr.io/nim/colabfold/msa-search:2。就绪检查：until curl -sf http://localhost:8000/v1/health/ready; do sleep 5; done。本地推理就绪后无需鉴权头。
限制：本地部署需 GPU 与足够 NVMe 空间；配对搜索仅需 UniRef30，envdb 无分类信息不能用于配对；请求级 databases 参数只选择已下载数据库，不改变启动时拉取内容；托管模板路径在验证中返回 HTTP 404，模板搜索建议用本地 Docker；预签名 URL 通常一天内过期。其余参数、校验与示例细节暂未提供。