genmol-nim

GenMol NIM 是用于生成类药分子的微服务，适用于从头生成、骨架修饰、基序延伸和先导优化等任务。它提供两种使用模式：NVIDIA 托管 API（https://health.api.nvidia.com/v1/biology/nvidia/genmol/generate，需 Authorization: Bearer $NGC_API_KEY）和本地 Docker NIM（http://localhost:8000/generate）。本地部署需先用 NGC_API_KEY 执行 docker login nvcr.io，运行 nvcr.io/nim/nvidia/genmol:1.0.1，传入 -e NGC_API_KEY，并将端口绑定到回环地址 -p 127.0.0.1:8000:8000；首次启动会下载约 20 GB 模型到 LOCAL_NIM_CACHE。GenMol 为单 GPU，NIM_TEST_GPU 默认 0，可用 until curl -sf http://localhost:8000/v1/health/ready; do sleep 5; done 等待就绪。请求字段名为 smiles，但实际需填 SAFE 表示法，掩码位置写作 [{min-max}]，例如从头生成用 "[{20-30}]"。参数中 temperature 和 noise 为字符串，num_molecules 范围 1-1000，scoring 可选 "QED" 或 "LogP"，unique=True 可去重。过滤可能导致返回数量少于请求值，无效 SAFE 字符串会返回 failed 或校验错误。骨架、基序和先导优化工作流需安装 safe-mol，简单环骨架可能触发 SAFEFragmentationError，可回退为原始 SMILES 加 SAFE 掩码。输出可按分数排序并保存为 .smi 文件，化学有效性、PAINS 告警与可视化可参考 validation 文档。