SuperAPI AI 工具集

drug-discovery-pipeline

智能体与模型

查看项目

更新于 10-16 02:33

技能介绍

用途:以三步串联流程进行候选药物筛选。第一步 GenMol 生成分子,第二步 DiffDock 将分子对接到靶点,第三步 Boltz2 预测结合亲和力。适用从头命中发现、先导优化和虚拟筛选。

使用前需与用户确认:靶蛋白(PDB 文件或序列)、起点(从头或已知骨架修饰)、打分方式(QED 或 LogP)、API 模式(托管或本地 Docker)。本地 Docker 时不要让所有 NIM 同时占用 localhost:8000,可逐个容器运行并传递文件,或为每个 NIM 分配不同端口并设置各步 URL。

主要能力与关键点:GenMol 要求 SAFE 记法而非原始 SMILES,用 pip install safe-mol 的 safe 包编码;请求字段名为 smiles 但传 SAFE 记法,temperature 与 noise 必须为字符串。托管端点如 https://health.api.nvidia.com/v1/biology/nvidia/genmol/generate,调用需 NGC_API_KEY。DiffDock 需仅保留 ATOM 行的受体 PDB,参数含 num_poses、time_divisions、steps,返回 position_confidence 与 ligand_positions。Boltz2 用靶蛋白序列而非 PDB,ligands 中设 predict_affinity 为 True,返回 affinity_pic50 与 affinity_probability_binary。

结果解读:QED 0–1,>0.5 视为类药;DiffDock 置信度越高对接姿态越可靠;pIC50 >6 为亚微摩尔、>8 为高活性;P(bind) >0.7 可能结合。

限制:调用时分子、靶点输入与 NGC_API_KEY 会传输至 NVIDIA 托管 API 端点,建议使用本地 NIM 容器;各 NIM 端点与参数需按当前文档核对;其余信息暂未提供。