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diffdock-nim

通用与其它

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更新于 10-16 02:33

技能介绍

DiffDock NIM 用于以小分子盲对接方式预测蛋白质-配体结合姿态,既可调用 NVIDIA 托管 API,也可在本地以 Docker 运行 NIM。

用途与模式:先确认使用托管 NVIDIA API(https://health.api.nvidia.com/v1/biology/mit/diffdock)还是本地 Docker NIM(http://localhost:8000/molecular-docking/diffdock/generate)。两者路径不同:本地无 /v1/ 前缀,走 /molecular-docking/ 路由。托管请求需 Authorization: Bearer $NGC_API_KEY;本地容器启动时通过 -e NGC_API_KEY 传入密钥,推理请求在就绪后无需鉴权头,免密钥的暖缓存启动因镜像版本而异。本地就绪检查可用 until curl -sf http://localhost:8000/v1/health/ready; do sleep 5; done。

输入准备:受体 PDB 仅保留 ATOM 记录,需去除头部、水分子和 HETATM。配体支持 SMILES(ligand_file_type 为 txt)、SDF、MOL2;切勿将 SMILES 的 ligand_file_type 写成 smiles。请求体字段包括 protein、ligand、ligand_file_type、num_poses、time_divisions、steps、save_trajectory。

输出与查看:ligand_positions 与 position_confidence 为并列的排序列表,position_confidence[0] 即 rank-1 姿态置信度。可将排序后的姿态 SDF 保存,并配合受体在 PyMOL、ChimeraX 或 UCSF Chimera 中查看。

限制:num_poses 最大 100,time_divisions 最大 20,steps 最大 18;仅支持单 GPU,本地最低约需 24 GB 显存。422 通常表示 ligand_file_type 无效、SMILES/SDF 解析失败或无 ATOM 记录;空姿态需检查受体与配体可解析性;本地 URL 返回 404 多为误用了托管路径或多余的 /v1/。

更详细端点、参数、验证与示例见资料所列 references 文件;缺失的事实暂未提供。