SuperAPI AI 工具集

complexa-target

智能体与模型

查看项目

更新于 10-16 02:33

技能介绍

用途:为 Proteina-Complexa 的各设计流水线登记或编辑设计靶点。靶点分布在三个 YAML 文件中,每条流水线各用一个:configs/targets/targets_dict.yaml(蛋白结合剂,默认流水线)、configs/targets/ligand_targets_dict.yaml(配体结合剂)、configs/design_tasks/ame_dict_v2.yaml(AME/酶支架)。complexa target CLI 只管理前两个;AME 任务使用扩展 schema(含 contig_atoms 等),只能手工编辑文件。

主要能力:登记蛋白靶点(链 + 残基范围 + 热点残基);登记配体靶点(PDB 口袋 + 三字母代码 + SMILES);为 AME 流水线定位任务名;用 complexa validate target 校验靶点解析到真实 PDB;输出可复现的 target_definition.yaml 产物。

使用方式:首选直接编辑 YAML——结构简短,可复制现有条目作模板,避免 14 个 CLI 参数和 SMILES 转义问题,写入时注意双空格缩进、单空行分隔、对链/残基范围与 SMILES 加引号、列表用 flow 风格。也可用 CLI:complexa target add 02_PDL1 --source bindcraft_targets --target-filename PD-L1 --target-input A1-115 --hotspot-residues A37 A39 A49 A98 --binder-length 64 155 --pdb-id 4z18;配体加 --ligand FAD --ligand-only --use-bonds-from-file --smiles "..."。校验用 complexa target show 02_PDL1,以及 complexa validate target configs/search_protein_local_pipeline.yaml --target 02_PDL1(需 DATA_PATH 已设置且 target_data/ 存在)。配体靶点需指向配体流水线配置。产物存入 ./target_<name>/,包括 target_show.txt 和 target_definition.yaml。

限制:AME 任务仅能文件编辑,CLI 不支持;蛋白靶点必填 name、source 或 target_path、target_filename、target_input;配体靶点必填 ligand,不要求 target_input;binder_length 默认 [60, 120],ligand_only 与 use_bonds_from_file 默认 true。靶点定义无需 GPU,仅产生 KB 级文件变更;下游设计/评估的资源要求参见 complexa-design 与 _shared/reference/hardware.md。若 PDB 缺失、热点残基或链不存在、SMILES 非法、名称冲突,会分别报错,需按提示修正;名称以数字开头时 Hydra 覆盖语法可能需要加引号。字段语法与三个示例见 reference/target_schema.md。