complexa-sweep 用于对 Proteina-Complexa 设计流程做笛卡尔积参数扫描，并汇总排名结果。它来自 nvidia-bionemo/bionemo-agent-toolkit。
用途：选取或编写 sweeper YAML，展开成 N 份推理与评估配置，循环运行 complexa design，再把每个配置的成功指标聚合成带排名的 sweep_summary.csv 与 sweep_manifest.json，找出最佳配置和 Pareto 前沿（耗时与成功率）。注意 complexa design CLI 不接受 --sweeper，扫描必须由 script_utils/generate_inference_configs.py 驱动，它会为每个组合写出一个 configs/inference_configs/inf_{idx}_{run_name}.yaml，然后再循环 complexa design。
主要能力：使用 configs/sweeps/ 中已有的 sweeper（beam_width、bb_ca_temperature、search_replicas、example）；用任意点号 Hydra 路径编写新 sweeper（顶层映射，值为列表，笛卡尔积为各列表长度之积）；用 generate_inference_configs.py 生成 N 组推理+评估配置；单 GPU 串行循环或多 GPU 主机按 CUDA_VISIBLE_DEVICES 分片并行；遍历每个配置输出目录，解析 analyze 步骤 CSV；输出 sweep_summary.csv（每配置一行：轴值、成功率、mean iPAE、多样性）和 sweep_manifest.json；按成功率找最佳配置，并给出 wall-clock 与成功率的 Pareto 前沿。
使用方式：先运行 bash .claude/skills/shared/scripts/preflight.sh 并读取 ./complexa_setup/preflight.json；若 gpu.available=false 则停止。用与 complexa-design 相同的对话确定 pipeline_config_name、task_name、run_name。然后预演：python script_utils/generate_inference_configs.py --config_name search_binder_local_pipeline --sweeper configs/sweeps/my_sweep.yaml --override generation.task_name=22_DerF21 --run_name my_sweep --dryrun，确认输出显示 DRY RUN 及配置对数。去掉 --dryrun 后生成配置，再循环：for cfg in configs/inference_configs/infmy_sweep.yaml; do complexa design "$cfg" || echo "FAILED: $cfg"; done。多 GPU 时按 seq 分片并行，仅在刻意让单次调用占用多 GPU 时才加 gen_njobs/eval_njobs。结果在 ./inference/inf{idx}{run_name}/ 与 ./evaluation_results/eval{idx}{run_name}/results.csv；若没有 passes_filter，可用 i_pae<10、i_plddt>0.7、sc_rmsd<2.0 等阈值与用户确认后推导。最后用 write_manifest.py 生成 manifest。
适用场景：质量不足时扫描 beam_width × nsteps；想加速时下调 nsteps；低多样性时扫描 sc_scale_noise；奖励过拟合时调整 reward_weights 比例；需要统计稳健性时扫描 best_of_n.replicas；算法对比时扫描 search.algorithm（single-pass、best-of-n、beam-search、fk-steering）。
限制：扫描总 GPU 时间 = 配置数 × 单次运行时间，单次 search_binder_local_pipeline 在 A100 上约 30–90 分钟，需提前向用户确认成本；CPU 不可行。常见问题包括 sweeper 路径相对 CWD 解析错误、顶层必须是映射、值为空列表则不生成配置、--override 会覆盖同名扫描轴导致该轴塌缩、循环中单个配置失败会被 || echo 吞掉（需单独重跑并跳过该 config_id）。具体每个轴的典型范围与成本见 reference/sweep_axes.md，面向用户的扫描系统概览见 docs/SWEEP.md。