用途：驱动 Complexa 四阶段设计流水线——生成（flow matching + 搜索）→ 过滤（按 reward 取 top-N）→ 评估（AF2/RF3 重折叠）→ 分析（成功率与 FoldSeek/MMseqs 多样性），输出可复现 manifest 与逐设计成功 CSV。
主要能力：支持蛋白质靶点结合体（AF2 reward + ColabDesign 重折叠）、小分子配体结合体（RF3 reward + RF3 重折叠）、带配体上下文的 AME motif 支架设计；搜索策略含 single-pass、best-of-n、beam-search、fk-steering、mcts；重折叠后端可选 ColabDesign(AF2)、RF3、Boltz2、ESMFold。
用法：流程分预检、选流水线、收集参数、验证、运行、收集结果、生成 manifest。预检执行 bash .claude/skills/_shared/scripts/preflight.sh 并读取 ./complexa_setup/preflight.json，检查 GPU、显存、各变体 checkpoint 与 AF2_DIR、RF3_CKPT_PATH 等环境变量。流水线由传入的 YAML 决定：默认蛋白质结合体用 configs/search_binder_local_pipeline.yaml；配体结合体用 configs/search_ligand_binder_local_pipeline.yaml；AME 用 configs/search_ame_local_pipeline.yaml。运行前先 complexa validate design ... 校验，再执行 complexa design ...，使用 ++ 强制 Hydra 覆盖参数（如 ++run_name、++generation.task_name、++generation.search.algorithm=beam-search）。结果位于 ./inference/ 与 ./evaluation_results/。硬件建议 1 张 40GB 及以上显存 CUDA GPU，100 条设计默认约 30–120 分钟。
限制：资料未提供完整可用条件与依赖边界；小显存需降 batch_size，目标须存在于对应字典中，缺失 checkpoint 需先下载，具体阈值与故障处理见参考文档。