用途：把一句“为某靶点设计结合体”的请求，转化为经过独立验证并排序的结合体候选。每个返回结果都是协同设计的序列加预测的结合体-靶点复合物，并通过界面置信度、是否接触靶点热点、apo/holo 稳定性等门槛筛选。
主要能力：生成使用 Proteina-Complexa（同时协同设计结合体序列与全原子结构，无反向折叠步骤，带奖励引导的测试时搜索）；验证使用不同模型家族（Boltz2 默认，OpenFold3 可选），使置信度成为独立检查。流程分四阶段：阶段1 解析靶点与热点（无需 GPU）；阶段2 用 complexa generate 生成；阶段3 独立重折叠验证并设门槛；阶段4 输出 REPORT_<target>_<run>.md（GO/NO-GO）。
使用方式：需自备上游模型与代码（Proteina-Complexa 仓库、NGC 权重 nvidia/clara/proteina_complexa）。首次使用参考 references/setup.md，并运行 bash scripts/check_setup.sh 检查环境。生成命令示例：python scripts/complexa_design.py run --task-name <name> --run-name <run> --algorithm best-of-n --num-samples <N> --seed 0 --out <run-dir>。验证由 scripts/boltz2_refold.py 与 scripts/validate_binders.py 完成，ipSAE 脚本需 bash scripts/fetch_ipsae.sh 获取。
适用场景：需要自动化靶点解析、热点确定、结合体生成与独立验证的蛋白质结合体设计研究。
限制：默认门槛为 ipTM ≥ 0.65、complex pLDDT ≥ 0.70、binder pLDDT ≥ 0.70、apo binder pLDDT ≥ 0.70、ipSAE_min ≥ 0.45、apo↔holo RMSD ≤ 2.5 Å、≥20% 热点被接触；靶点需裁剪至 ≤500 残基；最多 2 轮生成；不要运行完整 complexa design。去 novo 结合体设计具双重用途，应拒绝增强病原体适应性、毒素效力或生物武器功能的请求。具体收费、价格与平台信息暂未提供。