用途:在公开 CodonFM 仓库根目录下,按用户请求提供搭建说明、下载检查点或准备可运行模型环境。仅支持已签入的公开 v1 代码与公开 Encodon 检查点。
主要能力:区分三类请求——仅要说明、仅要检查点、要可运行环境。说明类请求需检查 runner、模型配置、Dockerfile、launcher 与 requirements,并给出完整命令。容器路径需确认 Dockerfile、run_dev.sh、src/runner.py 存在,docker info 成功,且 NVIDIA Container Toolkit 已配置;启动前用 bash -n run_dev.sh 检查,并先查 docker ps -a --filter name='^/codon-fm-dev-container$'。直接主机路径需 python3.11 -m venv、python -m pip install -r requirements.txt、可写 MPLCONFIGDIR 与 torch.cuda.is_available() 验证。
下载:公开 1B 用 hf download nvidia/NV-CodonFM-Encodon-1B-v1 NV-CodonFM-Encodon-1B-v1.safetensors config.json --local-dir "${CODONFM_CHECKPOINT_DIR:?Set the checkpoint root}/encodon-1b";80M 示例带 --revision 399ca9fe17b57941a7bebc6788033919b417413c。权重与 config.json 须同目录。
限制:不支持 Decodon、Encodon 5B/10B、序列生成、错义聚合/微调及 scripts/codon_optimize.py。CodonFM 消费编码序列,不是变异调用、比对、GTF 注释或通用 VCF 工具。容器脚本使用主机网络/IPC 并只读挂载 SSH 目录,无退出选项。CUDA 检查只证明 GPU 可访问,不代表检查点加载或模型执行成功。缺失事实暂未提供。