用途:依据已发表论文及其补充材料、方程、反应图、参数表、初值与情景描述,在Jinkō中重建机制性、QSP、PK/PD或ODE模型,量化复现结果并说明残留不确定项。不强制要求作者代码。
前提与用法:需已初始化的jinko-sdk连接,且SDK满足其metadata.requires_sdk范围。先运行jinko-sdk-setup技能,检查通过后再继续;找不到该技能时从novainsilico/jinko-skills安装。规范文件由assets/reproduction-spec.schema.json生成reproduction-spec.json(schema版本1.0),校验命令:python scripts/paper2model_report.py validate --spec reproduction-spec.json;报告渲染:python scripts/paper2model_report.py render
--spec reproduction-spec.json
--out reproduction-report.md(默认简洁,--profile audit为完整本地审计,--profile jinko为发布)。
主要能力:区分论文、补充、OCR、数字化数据与代码等不同证据来源并保留定位;干净PDF用原生抽取,扫描或数学表格不可靠时优先专用OCR并做视觉复核;不虚构缺失的驱动目标值;在精确证据与通过检查支持下自动应用来源支持的修正并记录;先冻结目标、比较指标、容差、事件语义与来源优先级再比较,禁止仅凭图形相似调参。使用jinko-model做模型检查与变更,jinko-protocol定义实验组或理论干预,jinko-vpop处理个体或细胞系差异,jinko-trial处理试验,jinko-task-extract-data-table取图值,jinko-reference管理证据,jinko-document仅用于发布报告。必须生成reproduction-report.md,包括受阻或失败情形。
适用场景:论文模型复现、结构实现与数值复现、补充材料驱动的模型重建。限制:单一论文情景的保真度不代表普遍生物学有效性;缺失证据时须以blocked_evidence停止并出报告;求解时间设置在trial而非模型上,复制或重建试验时需重新明确设置;用于选择解释的目标不可作为独立验证。结论需给出一种结果(reproduced、partially_reproduced、implemented_not_assessed、failed_validation、blocked_evidence)与复现置信度,并说明精选实现一致性或not_assessed。更多细节暂未提供。