用途:将 NONMEM 运行(控制流及可选 .ext、.phi、数据集)转换为 Jinkō 试验设置,供模型迁移与复用。
前置条件:需要已初始化的 jinko-sdk 连接及符合元数据要求的 SDK;先运行 jinko-sdk-setup 技能,检查通过后再继续。会话代码只能交换一次,需重新调用 get_session_code。若缺少该技能,可从 novainsilico/jinko-skills 安装。转换器需要额外依赖:pip install "jinko-sdk[nonmem2jinko]",安装后可使用 scipy 进行数值校验;未安装时脚本仍可运行,但 --check solve 会提示缺失。
核心规则:必须运行脚本,不要手工翻译 $PK;必须做数值检查并报告实测一致性,说明数字来源是平台隔离(--reference scipy)、读取覆盖(rxode2)还是与原 $TABLE 比较(nonmem,无需许可);阻止性错误应停止,不要擅自加 --allow-issues;应用前先阅读报告,单位与名称是推断的,可能出错;确认时间单位,Jinkō 以秒为单位求解并返回结果。
脚本:convert_model.py、convert_trial.py、compare_against_reference.py、upload_data_tables.py、render_equivalence_report.py、publish_equivalence_report.py。项目写入默认 dry-run,需 --apply 才生效;本地产物通过显式路径参数输出。
流程:请求 .ext、.phi 和数据集;先 dry-run 转换,解决报告中的 --time-unit、--amount-unit、--volume-unit、--unit、--rename 等问题;应用并运行;用相同 --time-unit 做数值检查;当其他人依赖该模型时生成等价性报告。每步可加 --folder NAME --create-folder 和 --json-out FILE 传递 SID,--parent-folder 可嵌套文件夹。
关键决策:--population design(默认,可在 Jinkō 编辑)、phi(重放拟合个体)、sampled;--vpop-mode etas(默认)或 parameters;--dosing auto(默认)、arms 或 per-patient;--eps-clones 生成预测锥,非 VPC。明确拒绝的构造包括稳态给药 SS、$MIX、嵌套随机效应、以 SD/相关/Cholesky 表示的 $OMEGA/$SIGMA、仅 $PRED 模型、无法读取的缩写代码等,均会记录名称。部分构造以近似方式转换:DOSE=AMT 只取首个剂量、时变协变量仅保留基线等。更多细节见 references/ 下的 workflow、validation、reporting、conversion-map、residual-error。