用途:面向药物发现、化学信息学与临床药理学研究,提供从靶点检索、化合物活性查询到成药性与安全性评估的工作流。
主要能力:
- ChEMBL 生物活性检索:按靶点名称搜索靶点(如 EGFR、COX-2、ACE),按靶点 ChEMBL ID 获取 pChEMBL 值不低于阈值的活性数据,或按分子 ChEMBL ID 查询名称、SMILES、分子量、LogP、氢键供受体、TPSA、Ro5 违背数与 QED。
- 成药性计算:通过 PubChem 免费属性 API 获取分子量、XLogP、氢键供体/受体数、可旋转键数、TPSA,套用 Lipinski 五规则与 Veber 口服生物利用度规则,无需安装 RDKit。
- 药物相互作用与安全性:用 OpenFDA 药品标签接口检索 drug_interactions 字段,用不良事件接口统计某药报告最多的反应术语。
- PubChem 化合物检索:按名称取 CID,再获取 IsomericSMILES、InChIKey、IUPAC 名称。
- 靶点与疾病关联:通过 OpenTargets GraphQL 接口查询基因靶点及其关联疾病评分。
使用方式:技能以 curl 调用公开 REST/GraphQL 接口,配合 python 解析 JSON 输出;示例中通过 shell 变量传入靶点、分子或药物名称,并用 urllib.parse.quote 做 URL 编码。
适用场景:早期靶点调研、先导化合物性质初筛、口服吸收潜力判断、药物相互作用与不良反应文献线索收集。
限制:所有 API 免费公开、无需认证;ChEMBL 批量请求需加 sleep 1 控制频率;FDA 数据反映的是报告事件,不必然代表因果关系;临床决策应咨询执业药师或医师。ADMET 系统推理可参考 references/ADMET_REFERENCE.md。