用途：原生运行 Nextflow Registry 中的模块。通过 nextflow module 系列命令完成搜索、查看与运行，模块在运行时按需拉取，全部自包含，无需外部工具或 MCP。模块以命名空间发布（如 nf-core/fastqc），命令对任意命名空间通用，需 Nextflow 26.04 或更高版本。
主要能力：nextflow module search <term> 按名称、描述与特征做相似度搜索；nextflow module view <name> 查看模块详情、输入、参数与精确运行命令模板；nextflow module run <name> [options] 运行模块；nextflow module list 列出可用模块。
使用方式：先搜索，再查看模板，然后用用户具体值替换占位符并运行。示例：先执行 nextflow module search "quality control"，再 nextflow module view nf-core/fastqc，之后 nextflow module run nf-core/fastqc --input "data/sample.fq.gz" --outdir results。模块底层工具的容器可通过在 nextflow.config 配置 wave.enabled = true、wave.strategy = 'conda,container'、docker.enabled = true，由 Wave 根据 conda 依赖按需生成容器。
关键规则：必须先搜索、先查看模板、用真实值替换占位符；绝不猜测参数；绝不编写包裹工作流来修复失败，失败时用 view 获取正确参数并重跑；多文件输入先展开通配符再逗号分隔并加引号，尽量使用绝对路径。运行后必须读取 stdout，向用户总结关键指标与告警，并以问题形式建议合理的下一步。
限制：需 Nextflow 26.04 及以上；仅支持 Registry 模块；容器需按上述 Wave+Conda 配置提供，官方未给出其他方式细节。