用途:通过 Seqera Platform 在云(AWS、Google Cloud、Azure)和 HPC 集群(Slurm、LSF 等)上启动 Nextflow 流水线执行。Platform 负责管理目标计算环境、从远程 Git 仓库执行流水线并提供监控。需 Nextflow 26.04 或更高版本。
主要能力与流程:
- 认证:先用 nextflow auth status 检查状态,未认证则运行 nextflow auth login,通过浏览器完成登录。
- 配置计算环境:调用 Seqera API(service: platform,api_name: platform_list_compute_envs)列出可选计算环境,向用户展示名称、平台类型、区域/集群,确认后再启动。
- 确保流水线位于远程 Git 仓库:Platform 只能从远程 Git URL 启动,不能直接使用本地路径。用 git remote -v、git status 检查;必要时用 git init、git add、git commit 初始化,并添加远程仓库后推送。
- 上传本地改动:提交并推送本地更改,使远程反映要运行的代码;工作区干净且已同步时可跳过。
- 启动:nextflow launch <git-repo-url> -r <revision> --input <input> --outdir <outdir> [其他参数],支持 -params-file、-resume 等选项。
- 监控:命令返回 Seqera Platform 的运行 URL,展示给用户以便在 UI 中监控进度。
关键规则:先认证;启动前确认计算环境;必须使用远程 Git 仓库;先推送本地改动;向 nextflow launch 传 Git 仓库 URL 而非本地路径;用 -r 固定版本;云环境下 --outdir 使用云存储(s3://、gs://、az://);展示运行 URL。
限制:具体计费、可用计算环境类型、参数细节等资料暂未提供。