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create-workflow

办公与效率

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更新于 10-16 06:50

技能介绍

用途:按结构化流程创建完整的 Nextflow 工作流(如生物信息学流程),方式是从 Nextflow Registry 组合已验证模块(模块发布在命名空间下,如 nf-core/fastqc)。需 Nextflow 26.04 或更高版本,以支持验证时使用的 nextflow module 命令。

四步创建流程:一、用 nextflow module search <term> 查找模块,用 nextflow module view <name> 了解输入输出,向用户提出包含模块清单、处理顺序、模块间数据流的方案;二、等待用户明确同意;三、逐一验证模块,每个模块用测试数据运行并确认输出,将全部模块运行命令及输出记录到以 .modules-validation- 为前缀的调试文件,失败则停止并向用户展示命令与输出;四、全部模块成功后才组装最终工作流。

组装时在 nextflow.config 中配置 wave.enabled = true、wave.strategy = 'conda,container'、docker.enabled = true,并用受管模块语法 include { MODULE_A } from 'nf-core/module_a'(不带 ./ 前缀,Nextflow 会自动从 Registry 下载安装),最后用相同测试数据端到端验证。

要点与限制:不要为运行或测试单个模块而写包装工作流,单模块请改用 run-module 技能,用 nextflow module search/view 发现模块并获取正确参数;仅当组合多个已验证模块时才写工作流。使用 -resume 复用缓存,使用绝对路径;多文件用逗号分隔并加双引号,如 --input "file1.fq,file2.fq",运行前将通配符展开为文件列表。优先单工具模块而非子工作流。调试时依据 stdout 的任务 ID 查看 work 目录下的 .command.log、.command.err、.command.out,检查输入文件可访问性与资源需求。模块验证交由 run-module 技能执行。其余收费、平台等信息暂未提供。