用途:面向科研数据分析的统计检验与富集分析技能,提供频率派检验与贝叶斯推断两条路径,用于两组或多组差异检验、多重比较校正、通路富集与生存分析。
主要能力:两组检验支持Welch t检验与Mann-Whitney U,并可按Shapiro-Wilk正态性检验自动选择;多组比较支持单因素ANOVA与Kruskal-Wallis;多重比较校正支持Bonferroni、Benjamini-Hochberg(fdr_bh)与Holm;通路富集采用Fisher精确检验并计算Fold Enrichment;贝叶斯部分使用Beta-Binomial共轭模型输出后验均值、标准差、95%可信区间与MAP;生存分析使用lifelines的Kaplan-Meier曲线与Log-rank检验,并提及Cox PH。两组检验同时计算Cohen's d及效应量分级。
使用方式:以Python脚本调用,依赖scipy、numpy、pandas、statsmodels、lifelines与matplotlib。典型流程为:先做正态性判断,再执行相应检验,随后对p值做多重校正,最后输出结果。富集分析需提供差异基因列表、通路字典与背景基因数。输出文件包括results/pathway_enrichment.csv、results/statistical_tests.csv、figures/kaplan_meier.png与figures/enrichment_dotplot.png。资料提及与ToolUniverse的biotools(bio.tools)统计检验工具注册表集成。
适用场景:转录组等组学数据的差异表达统计、通路富集、生存数据比较,以及需要频率派与贝叶斯结果对照的分析。
限制:资料未提供安装命令、版本要求、许可与收费信息;正态性检验在样本量超过5000时按固定p值处理,属该技能既定实现;生存分析需额外安装lifelines;具体参数与结果解释需使用者自行判断。