用途：面向 LC-MS/MS 蛋白质组学与代谢组学质谱数据，提供从谱图预处理到肽段/化合物鉴定、定量与差异分析的标准流程。
主要能力：基于 pyOpenMS 的 mzML 读取、峰检测（centroid）、特征检测（m/z×RT×强度）；数据库搜索与 PSM 打分、Target-Decoy FDR 控制、蛋白推断；LFQ、iBAQ、TMT、SILAC 定量；磷酸化、泛素化、乙酰化等 PTM 定位与 Motif 富集、KSEA 激酶活性估计；基于 matchms 的余弦/修正余弦相似度与 GNPS 风格分子网络；差异蛋白表达分析与功能富集。
使用方式：需先安装依赖 pyopenms、matchms、pandas、numpy、scipy、scikit-learn、networkx、statsmodels；原始数据需先用 msconvert 转为 mzML。可通过 ToolUniverse SMCP 调用 PRIDE、UniProt、KEGG、Reactome 等外部工具。输出包括 features_detected.csv、psm_results.csv、protein_quant.csv、ptm_sites.csv、differential_proteins.csv、molecular_network.graphml 及火山图、分子网络图。
适用场景：肽段鉴定与蛋白定量、TMT/SILAC/LFQ 差异表达、PTM 映射、谱库检索与分子网络、化合物注释（HMDB/MassBank/GNPS）。
限制：资料未提供具体收费、平台支持范围与性能指标；实际结果依赖数据库、参数与数据质量。