用途：GitNexus CLI 面向需要分析/索引代码仓库、查看索引状态、清理索引、生成 Wiki 或列出已索引仓库的场景。命令统一通过项目本地运行器 node .gitnexus/run.cjs <command> 调用，该运行器由 gitnexus analyze 生成在索引旁，会在调用时自动选择可用运行器（全局 gitnexus、pnpm dlx 或 npx），因此不依赖特定包管理器，也无需全局安装。
主要能力：analyze 从项目根目录运行，解析所有源文件、构建知识图谱、写入 .gitnexus/ 并生成 CLAUDE.md / AGENTS.md 上下文文件，支持 --force 强制全量重建、--embeddings 启用语义搜索嵌入（默认关闭）、--drop-embeddings 在重建时丢弃已有嵌入。status 显示当前仓库是否有索引、最后更新时间及符号/关系数量。clean 删除 .gitnexus/ 目录并从全局注册表注销仓库，支持 --force 跳过确认、--all 清理所有已索引仓库。wiki 使用 LLM 从知识图谱生成仓库文档，需要 API 密钥（首次使用时保存到 ~/.gitnexus/config.json），支持 --force、--model（默认 minimax/minimax-m2.5）、--base-url、--api-key、--concurrency（默认 3）、--gist。list 列出 ~/.gitnexus/registry.json 中注册的所有仓库，MCP 的 list_repos 工具提供相同信息。
使用方式：若尚未分析或运行器缺失（如全新克隆或 git clean 后），在项目根目录用 npx gitnexus analyze 重新生成。npm 11.x 下若 npx 安装崩溃（node.target 为 null），可先 npm i -g gitnexus 再 gitnexus analyze，或使用 pnpm --allow-build=@ladybugdb/core --allow-build=gitnexus --allow-build=tree-sitter dlx gitnexus@latest analyze。索引后读取 gitnexus://repo/{name}/context 验证索引已加载，再使用其他 GitNexus 技能（探索、调试、影响分析、重构）。
限制与排错：需在 git 仓库内运行，否则报“Not inside a git repository”；重新分析后索引仍显示过期，可重启 Claude Code 以重载 MCP 服务器；嵌入较慢时可省略 --embeddings（默认关闭）或设置 OPENAI_API_KEY 使用更快的 API 嵌入。Claude Code 中 PostToolUse 钩子会在 git commit 和 git merge 后检测过期并通知代理运行 analyze，但钩子本身不运行 analyze，以避免阻塞代理最长 120 秒及超时导致 KuzuDB 损坏。