用途：面向临床变异解读，将原始变异调用（如 VCF）系统化处理为符合 ACMG/AMP 2015 指南的分类与建议，并包含结构影响分析。触发场景包括询问变异解读、分类或致病性，需要 VCF 临床注释，需要 ACMG 分类，或需要对错义变异做结构影响分析。
主要能力：按阶段组织流程。阶段1 变异身份：HGVS 规范化、基因/转录本/后果映射、ClinGen CA ID 解析，涉及 MyVariant、EnsemblVar、VariantValidator、Tark、ClinGenAllele 等工具。阶段2 临床数据库：ClinVar、gnomAD、OMIM、ClinGen、COSMIC、SpliceAI、CIViC 等；gnomAD 需两步，先按 rsID 搜索再用 variant_id 取频率。阶段2.5 非编码调控语境：ChIPAtlas/ENCODE 注释，以及 AlphaGenome、Enformer、Borzoi、ChromBPNet、Evo2 等变异效应预测。阶段3 计算预测：CADD、AlphaMissense、EVE、SIFT/PolyPhen 等，可用 MyVariant 一次取多分数。阶段4 结构分析：PDB/AlphaFold2、结构域与功能位点。阶段4.2 机制：ESMC-6B 稀疏自编码器解释变异破坏的功能特征。阶段4.5 表达语境：CELLxGENE、GTEx。阶段5 文献：PubMed、EuropePMC、BioRxiv、MedRxiv 等。阶段6 ACMG 分类：应用证据码并给出建议。
使用方式：工具调用使用英文术语，回复用户语言；先查数据库再判断，不凭记忆分类。部分工具需环境变量，如 ONCOKB_API_TOKEN、ALPHA_GENOME_API_KEY、NVIDIA_API_KEY、ESM_API_KEY；ESM SAE 需 pip install 'esm @ git+https://github.com/evolutionaryscale/esm@ee891c52'，且为非商业许可。
限制：OncoKB 演示模式仅支持 BRAF、TP53、ROS1；AlphaFold 对超大蛋白（如 BRCA2）可能无预测；REVEL 缺失时需说明并依赖 CADD+SIFT+PolyPhen 共识；预印本须标注未经同行评审；输出需专业复核，不构成诊断。BS1 阈值需按基因校准，非通用截断。