用途：对蛋白质变异进行蛋白质层面的功能性注释，汇集结构定位、残基上下文、结构域影响与人群等位基因频率，并从保守性、位置、人群频率、计算预测四个维度评估致病性信号。
主要能力：ProtVar 的结构坐标、残基信息、结构域、活性位点、保守性、PTM 与功能影响；gnomAD 全局及各祖源 AF 与纯合子计数；CADD PHRED 有害性评分；OpenCRAVAT 多注释器联合注释（ClinVar、gnomAD3、SIFT、PolyPhen-2、REVEL、AlphaMissense、SpliceAI 等）；ClinVar 致病性、审查星级与提交者数量；ClinGen 基因-疾病有效性分级。FAVOR 可在已有 GRCh38 基因组坐标时一次调用返回频率、有害性、保守性、ClinVar 与调控注释。
使用方式：输入可为 HGVS（c./p.）、基因组坐标、rsID 或基因+氨基酸改变；简写需展开为三字母形式（如 TP53 R175H → TP53 Arg175His）。典型调用：ProtVar_map_variant、ProtVar_get_function、ProtVar_get_population、gnomad_get_variant（chrom-pos-ref-alt，hg38，无 chr 前缀）、CADD_get_variant_score、OpenCRAVAT_annotate_variant、ClinVar_search_variants、ClinGen_search_gene_validity。错义变异可用注释器 "clinvar,gnomad3,sift,polyphen2,revel,alphamissense,cadd_exome"。分析需计算时用 Python 执行。先创建报告文件并逐步更新，所有结论标注 T1-T4 证据等级。
适用场景：错义变异的功能影响、保守结构域或活性位点定位、人群频率查询、多工具预测一致性评估，以及 ClinVar 与 ClinGen 上下文解读。
限制：不做完整 ACMG 分类或治疗建议；ProtVar 仅覆盖 UniProt 规范异构体；gnomAD 基于 v4，线粒体变异 AF 单列；CADD 等仅为计算预测；ClinVar 反映提交者解释，星级体现一致性而非准确性；无实验结构时 ProtVar 坐标来自 AlphaFold2。输出报告，不输出 HTML。