用途：面向VCF/变异数据的解析、注释、分类与筛选，覆盖SNV、indel及结构变异（SV/CNV），并支持临床解读与队列统计。资料称其触发场景包括：用户提供VCF并提问、VAF过滤、突变类型分类、SV解读、变异注释（ClinVar/gnomAD/CADD/dbSNP）、基于ClinGen剂量敏感性的CNV致病性评估、人群频率过滤、内含子/基因间变异过滤等。
主要能力：VCF解析（纯Python与cyvcf2，支持VCF 4.x、gzip、多样本、SNV/indel/SV）；变异分类（将SO术语、SnpEff ANN、VEP CSQ、GATK Funcotator映射为标准类型，含missense、nonsense、synonymous、frameshift、splice、intronic、intergenic、UTR等）；VAF提取（AF、AD、AO/RO、NR/NV、INFO AF）；过滤（VAF、深度、质量、PASS、变异类型、后果、染色体、SV大小）；统计（Ti/Tv、每样本VAF/深度、突变类型与SV大小分布）；注释（MyVariant.info聚合ClinVar、dbSNP、gnomAD、CADD、SIFT、PolyPhen）；SV/CNV分析（gnomAD SV频率、DGVa/dbVar、ClinGen剂量敏感性）；基于单倍剂量不足/三倍剂量敏感评分的ACMG/ClinGen CNV致病性分类；导出pandas DataFrame；生成Markdown报告。
使用方式：技能附带脚本需优先使用，且必须在数据目录之外的工作目录运行（脚本拒绝写入输入数据目录）。例如HaplotypeCaller计数使用python skills/tooluniverse-variant-analysis/scripts/gatk_haplotypecaller_pipeline.py，配合--reference、--bam或--fastq-r1/--fastq-r2、--workdir /tmp/hc_run、--sample-name；编码变异过滤使用coding_variant_filter.py，配合--dir、--pattern、--header-rows或--file、--sample-col；VAF分数统计使用variant_fraction.py，配合--file、--vaf-threshold、--annotation、--header-rows。输出为带标签的KEY=VALUE行，需按问题选择对应键（如平均每样本用AVERAGE_PER_SAMPLE）。另有VCFStatsTool封装VCF_summary_stats、VCF_count_variants、VCF_normalize，返回结构化JSON。
限制：不得对“HaplotypeCaller识别多少SNP/indel”类计数问题擅自加PASS/QUAL/DP/AF过滤；默认ploidy为2，仅在明确要求单倍体时用--ploidy 1；Excel多行表头需用header=[0,1]处理；临床分类需实际查询工具，不得凭记忆；文档未提供安装命令、平台支持、收费与价格信息等，暂未提供。