用途：针对病原体进行肽/亚单位疫苗候选物的计算设计，核心是表位预测、目标人群 HLA 覆盖优化与免疫原性评估。适用请求包括“为某病原体设计疫苗”“预测某蛋白的 T 细胞表位”“评估这些表位的人群覆盖”“寻找跨菌株保守表位”。
主要能力：使用 IEDB_predict_mhci_binding / IEDB_predict_mhcii_binding 预测 MHC-I（CD8+ CTL）与 MHC-II（CD4+ 辅助）结合；IEDB_predict_bcell_epitopes 从头预测线性 B 细胞表位；iedb_search_epitopes / iedb_search_mhc 检索已验证表位与 MHC 结合数据；UniProt_search、BVBRC_search_genome_features 获取抗原序列；alphafold_get_prediction 获取结构；EnsemblVEP_annotate_hgvs 检查变异保守性；PubMed_search_articles、search_clinical_trials 查找文献与临床试验。
使用方式：按阶段推进——抗原选择（优先表面暴露、必需、跨菌株保守，如 UniProt_search(query="[organism] AND locations:(location:cell surface) AND reviewed:true")）、T 细胞表位预测（如 IEDB_predict_mhci_binding(sequence="...", allele="HLA-A*02:01", method="netmhcpan_el", length=9)，rank<0.5% 为强结合）、B 细胞表位预测、人群覆盖（python scripts/population_coverage.py --alleles "..."，特定族群需用 --freq-file 提供 AFND/IEDB 频率）、保守性分析与多表位构建（3-5 个 MHC-I、2-3 个 MHC-II、1-2 个 B 细胞表位，可用 AAY、GPGPG 连接子）。
限制：所有预测均为计算证据（T4），需实验验证；MHC 结合不等于免疫原性；B 细胞表位预测可靠性低于 T 细胞，构象表位依赖准确结构；无佐剂优化；快速变异病原体可能逃逸表位疫苗。仅 HLA 分型或抗体工程应使用其他技能。