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数据与分析

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更新于 10-16 01:16

技能介绍

用途:系统化毒理学分析,将分子起始事件(MIE)经不良结局路径(AOP)连接到顶端不良结局,再与 FAERS 真实世界信号、FDA 标签数据、CTD 毒理基因组关联及 EPA CompTox 定量危害数据交叉验证。

主要能力:AOP 映射(AOPWiki_list_aops、AOPWiki_get_aop);FAERS 信号检测(FAERS_count_reactions_by_drug_event、FAERS_calculate_disproportionality、FAERS_filter_serious_events、FAERS_stratify_by_demographics);FDA 标签安全信息挖掘(DailyMed_parse_adverse_reactions 等);毒理基因组(CTD_get_chemical_gene_interactions、CTD_get_chemical_diseases);EPA CompTox 危害与生物活性(CompTox_search_chemical、CompTox_get_hazard_data、CompTox_get_bioactivity_summary、CompTox_get_bioactivity_assays)。

使用方式:先做化合物身份消歧(PubChem_get_CID_by_compound_name、ChEMBL_search_drugs),再按阶段查询;工具调用使用英文名称;需要计算时通过 Bash 运行 Python(pandas、scipy、statsmodels、matplotlib)。证据分级 T1–T4,最终生成整合毒理学报告并按 CRITICAL/HIGH/MEDIUM/LOW/INSUFFICIENT DATA 分级。

限制:AOP 多处于开发中,可信度评分有限;FAERS 为观察性数据,存在混杂与漏报;CTD 推断关联假阳性较高;T3DB 工具当前返回 HTTP 403,视为不可用;EPA CompTox 需免费 API 密钥 EPA_COMPTOX_API_KEY(可发邮件至 ccte_api@epa.gov 申请),无密钥时相关工具不出现。