用途
该技能面向合成生物学与基因工程场景,用于在 SynBioHub(托管 iGEM 标准生物元件登记库、CIDAR Lab 元件、Free Genes 库等公开 SBOL 集合的合成生物学元件库)中查询遗传元件。适用情形包括:按功能或关键词(启动子、RBS、终止子、CDS、报告基因、基因名等)查找元件;根据 BioBrick ID 或 SynBioHub 元件 URI 获取序列、角色与来源信息;在检索前先浏览 SynBioHub 上有哪些元件集合或库;以及在组装基因线路时筛选候选元件(启动子 + RBS + CDS + 终止子)。
主要能力
技能包含三个工具:
SynBioHub_get_collections {}:无参数,返回每个公开集合的名称、描述、display_id、uri、版本和成员数量,便于在检索前了解可搜索范围。SynBioHub_search_parts {"query": "<关键词>", "limit": <1-50,默认10>, "offset": <int,默认0>}:query 支持基因名、功能描述或 BioBrick ID,例如 "GFP"、"lac promoter"、"BBa_E0040"、"terminator"、"riboswitch"、"CRISPR"、"T7 promoter"。返回候选元件数组,每项含 display_id、name、description、uri、version、sbol_type 和 role。没有单独的生物体或角色过滤参数;如需缩小范围,应调整关键词后重新检索。SynBioHub_get_part {"display_id": "<BioBrick ID>"}或SynBioHub_get_part {"part_uri": "<步骤2返回的uri>"}:二者只传其一;display_id 用于 iGEM BioBrick(如 BBa_E0040),part_uri 用于其他来源元件。返回标题、描述、类型(如 DnaRegion)、角色(SO 术语/iGEM 元件类型数组)、序列(仅前 500 bp)、sequence_length(真实全长)、创建/修改日期和 derived_from(原始来源 URI)。序列字段被截断为 500 字符,较长元件应如实报告 sequence_length,并说明返回序列只是前缀而非完整序列。
使用方式
资料明确说明:SynBioHub 已在上游关闭对公开 REST 端点的匿名访问,三个工具在未设置令牌时均返回 401(需登录)错误。因此使用前应先做一次成本最低的检查(如无参数调用 SynBioHub_get_collections)。若返回 401/需登录,应明确告知用户这是 SynBioHub 上游策略变更而非请求缺陷;引导用户在 https://synbiohub.org 注册免费账号、登录并获取会话令牌,然后在环境中设置 SYNBIOHUB_API_TOKEN 后重试。在令牌有效且调用成功时,按“浏览集合→关键词检索→获取单个元件详情”的流程操作。
适用场景
适用于基因线路设计前期的候选元件筛选、按 BioBrick ID 或 URI 核对元件序列与角色、了解 SynBioHub 公开集合构成等。
限制与边界
没有令牌时无法完成任何查询;不得编造元件记录、序列或集合列表,也不得凭训练数据记忆猜测 BioBrick 序列并冒充实时查询结果。该技能不适用于按 Addgene ID 查询质粒骨架/载体(应使用 Addgene 相关工具,且需设置 ADDEGENE_API_KEY)、选定元件后的克隆方案规划(应转用 tooluniverse-molecular-cloning)以及扩增引物设计(应转用 tooluniverse-primer-design)。资料未提供除 SynBioHub 之外的其他数据源,也未说明令牌有效期、调用配额或收费信息。
下游衔接
元件确定后,可将结果交由 tooluniverse-molecular-cloning 进行组装规划(Gibson/Golden Gate/限制性酶切克隆),并由 tooluniverse-primer-design 设计扩增引物。