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tooluniverse-structural-variant-analysis

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更新于 10-16 01:16

技能介绍

用途:对结构变异(SV,≥50 bp)进行临床基因组学解读,覆盖缺失、重复、倒位、易位和复杂重排,输出 ACMG 改编的致病性分类(致病/可能致病/VUS/可能良性/良性)。

主要能力:按七阶段流程工作——SV 识别与分类(坐标归一化、类型、大小、断点精度)、基因内容分析(完全包含、部分破坏、侧翼基因)、剂量敏感性评估(ClinGen HI/TS 评分、pLI、OMIM 遗传方式)、人群频率背景(gnomAD SV、ClinVar、DECIPHER,≥70% 相互重叠视为同一 SV)、0-10 分致病性评分(基因内容 40%、剂量敏感性 30%、人群频率 20%、临床证据 10%)、文献与临床证据检索、ACMG 改编分类与临床建议。

使用方式:通过 Bash 运行 Python 进行计算与数据处理,调用 ToolUniverse 工具检索数据,工具调用使用英文术语,回复使用用户语言。先创建 SV_analysis_report.md 再逐步填充,报告命名格式为 SV_analysis_[TYPE]chr[CHR][START][END][GENES].md。必备工具包括 ClinGen_search_dosage_sensitivity、ClinGen_search_gene_validity、ClinVar_search_variants、ensembl_lookup_gene、OMIM_search/OMIM_get_entry、gnomad_search_variants 等。

适用场景:用户询问结构变异解读、拥有芯片或测序 CNV 数据、询问某缺失/重复是否致病、需要 SV 的 ACMG 分类、评估基因剂量效应或染色体重排时。

限制:不适用于单核苷酸变异(SNV)、小于 50 bp 的小插入缺失、癌症体细胞变异、线粒体变异和重复扩增,这些需使用其他技能或框架。资料未提供具体收费、价格或平台支持信息。