SuperAPI AI 工具集

tooluniverse-statistical-modeling

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更新于 10-16 06:48

技能介绍

用途:面向生物医学数据的统计建模与分析,覆盖线性回归、二分类/有序/多项逻辑回归、Poisson 回归、ANOVA、卡方、Fisher 精确检验、Mann-Whitney、Kruskal-Wallis、Cox 比例风险与 Kaplan-Meier、混合效应模型、R 自然样条(splines::ns)拟合等。

主要能力:提供封装脚本,如 r_natural_spline_regression.py(R 语法 lm(y ~ ns(x, df=K)) 的样条回归)、spline_model_compare.py(二次/三次/自然样条比较并给出最优模型峰值与 95% CI)、logistic_regression_or.py(输出 OR 与置信区间,支持交互项)、power_analysis.py(基于 Cohen's d 的样本量计算)、expression_anova.py(逐基因 ANOVA/中位 LFC)、prepare_ae_cohort.py(临床试验 AE 严重度卡方/有序检验)、stat_tests.py(仅标准库的卡方、Fisher、OLS)。另有 Survival_kaplan_meier、Survival_log_rank_test、Survival_cox_regression 等 ToolUniverse 工具可直接调用。

使用方式:优先检查数据目录中是否已有 *_executed.ipynb、预计算结果文件或规范分析脚本,有则直接读取或执行;否则再按技能配方重跑。脚本通过命令行调用,例如 python skills/tooluniverse-statistical-modeling/scripts/r_natural_spline_regression.py --csv data.csv --y-col Area --ratio-col Ratio --new-x-col Frequency_strain --filter "StrainNumber not in ['1', '98']" --df 4 --workdir /tmp/spline_run。中间文件必须写入 /tmp/ 或指定 --workdir,脚本会拒绝写入输入 CSV 所在目录。

适用场景:生物医学统计问题,如 OR、HR、回归拟合、有序逻辑回归、生存估计、ANOVA F 值、基因表达差异等。

限制:样条必须用 Rscript 运行以匹配 R 的 ns();临床试验 CSV 常需 encoding='latin1';AE 分析不应按 AEPT 过滤;多特征数据须逐基因分析而非汇总;计数与长度类变量的 Pearson 相关需报告四种变换组合;事件数过少时 Cox 结果会给出低 EPV 警告。缺失事实暂未提供。