用途:对空间转录组/多组学实验做生物学解读。输入空间可变基因(SVGs)、组织类型,可选技术平台、疾病背景、空间域标记基因、细胞类型、蛋白和代谢物,输出 Markdown 报告。
主要能力:按 9 个阶段分析——输入解析与疾病 ID 消歧、基因表征(ID、功能、定位、组织表达)、通路与功能富集(STRING、Reactome、GO、KEGG,FDR<0.05)、逐空间域表征与域间比较、细胞间互作推断(PPI、配体-受体、信号通路)、疾病与治疗背景(疾病基因、可成药靶点、临床试验)、多模态整合(RNA-蛋白一致性、代谢通路)、免疫微环境(细胞类型、检查点、免疫治疗)、文献与验证建议(smFISH、IHC、PLA)。使用 70+ ToolUniverse 工具,证据分 T1(人体/临床)至 T4(计算),并计算 0-100 的空间多组学整合评分(数据完整性 30、生物学见解 40、证据质量 30)。
使用方式:提供 svgs 与 tissue_type 即可启动;报告文件命名为 {tissue}_{disease}_spatial_omics_report.md,先建文件再逐步填充。工具调用使用英文术语,不确定的科学事实先查数据库(PubMed、UniProt、ChEMBL、ClinVar 等),需要计算时用 Bash 运行 Python(pandas、scipy、statsmodels、matplotlib)而非仅描述。可用 HuBMAP 工具检索参考空间数据集。
适用场景:肿瘤空间异质性、脑组织分区、肝脏代谢分区、肿瘤-免疫界面、发育模式、疾病进展等。
限制:不适用于单基因解读、变异解读、药物安全性、bulk RNA-seq、GWAS 分析;运行时间约 10-20 分钟,取决于基因列表大小。具体收费、平台支持范围等资料暂未提供。