SuperAPI AI 工具集

tooluniverse-small-molecule-discovery

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更新于 10-16 09:33

技能介绍

用途:系统化完成小分子的识别、表征、结构检索、生物活性查询、类药性与 ADMET 评估及商业可及性检索。

主要能力:PubChem 按名称或 SMILES 查 CID 与理化性质、相似性与子结构检索;ChEMBL 查分子记录、相似分子、靶点及活性(pChEMBL);BindingDB 查 UniProt 配体;SwissADME 与 ADMET-AI 计算理化、类药性、生物利用度、BBB 穿透、毒性与 CYP 相互作用;SwissTargetPrediction 预测蛋白靶点;eMolecules 与 Enamine 检索商业可及性与化合物库(多返回搜索 URL)。

使用方式:先用 PubChem_get_CID_by_compound_name 和 ChEMBL_search_molecules 解析身份,再用 PubChem_get_compound_properties_by_CID 获取 canonical SMILES;活性查询用 ChEMBL_search_activities(如 pchembl_value__gte=6);ADMET 用 SwissADME_calculate_adme(smiles 为字符串)或 ADMETAI_predict_*(smiles 为列表,需 pip install tooluniverse[ml]);采购用 eMolecules_search 或 Enamine_search_catalog。分析和统计用 Bash 运行 Python。

限制:BindingDB 常超时,Enamine API 常返回 500,eMolecules 无公开 API 仅给搜索 URL,SwissTargetPrediction 可能超时;ChEMBL ID 需完整格式如 CHEMBL941。未提供的具体价格、覆盖范围等以工具实际返回为准。