用途:给定蛋白质中的一组残基,回答“这些残基为何在功能上关键”。它把结构上下文(结合界面、配体口袋、疏水核心)与序列/功能注释综合起来,为每个残基或相邻残基簇判定机制类别。
主要能力:支持两种入口。路径 A 由用户直接提供 1-based 位置(可来自 ClinVar、文献或自定义),跳过热点检测直接收集证据;路径 B 从 DMS 效应矩阵按最大效应检出 top-K 热点,并按间距≤2 聚成簇。步骤包括:可选的输入前提校验(核对用户点名位置在该 DMS 中的排名,若不在前 50% 需在报告开头透明说明);按簇收集结构证据(界面/配体口袋/核心/二级结构);收集 UniProt 特征(活性位点、结合位点、修饰残基、二硫键、结构域);可选 SAE 特征排名(可用 ESM_get_region_sae_features 一次调用,或基于预计算 DMS SAE 张量直接计算 drop);可选的置换检验做统计显著性;最后综合判定为 catalytic、ligand-binding、interface、structural-core、PTM、regulatory、mixed 或 unknown;并可绘制带热点机制标注的 DMS 热图。
使用方式:需提供 UniProt 登录号、PDB ID 与链;路径 A 必须给 user_provided_positions,路径 B 需 DMS 效应矩阵与 disruptive_tail(top/bottom)。可选提供 DMS 矩阵作效应量上下文、SAE 张量作第四层证据。
适用场景:撰写论文方法与讨论部分的逐残基机制论断;跨同源蛋白比较残基集合;对任意来源的残基列表做生物学解释。
限制:不用于验证预测器与 DMS 的对比,不用于单变异 SAE 特征分解或单变异 LoF 机制合成。置换检验仅路径 B 且有 SAE 张量时可用,单残基簇无统计功效,需退回描述性排名。SAE 特征标签首次调用较慢(约30秒、约10 Forge credits),后续走缓存。热图需核对坐标对齐,避免错位失真。具体安装命令与更多 API 细节暂未提供。