用途：系统研究基因调控，包括转录因子结合、染色质状态与调控元件注释，并预测非编码变异的调控影响。
主要能力：JASPAR查询TF基序矩阵；UniBind获取实验衍生的直接TF-DNA结合位点数据集；ENCODE检索ChIP-seq、ATAC-seq、组蛋白修饰实验及cCRE、染色质状态注释；UCSC获取区域cCRE；RegulomeDB评估变异调控影响；Ensembl Regulatory Build提供基序实例与进化约束元件；MEME Suite支持基序扫描、从头发现与Tomtom比对；HOCOMOCO提供人工审编基序；Dfam查询重复元件。序列深度学习模型AlphaGenome、Enformer、Borzoi、ChromBPNet、Evo2可从DNA序列预测表达、可及性、TF结合等，并给出参考与替代等位效应。
使用方式：通过ToolUniverse工具调用，如jaspar_search_matrices、ENCODE_search_experiments、UCSC_get_encode_cCREs、RegulomeDB_query_variant等；查询用英文基因/TF名，坐标需注明装配版本（推荐GRCh38）。需要计算时用Bash运行Python（pandas、scipy等）分析。部分模型需API密钥或远程MCP服务器，如ALPHA_GENOME_API_KEY、NVIDIA_API_KEY。
适用场景：查找基因附近结合的TF、判断SNP是否影响调控元件、寻找组织特异增强子或CTCF结合位点、预测非编码变异对表达/可及性的影响。
限制：高置信调控元件需至少两类独立证据；负结果应记录；EnsemblReg部分端点较慢，get_constrained_elements在大区域不可靠，建议小于50kb并重试；模型输出为Δ效应量而非校准概率；无密钥或服务器时回退到注释工具并说明。具体收费与平台细节暂未提供。