用途：从 PDB 结构出发，对目标蛋白链的每个残基进行分类注释，判断其是否位于与配体链的结合界面、配体口袋、埋藏核心或溶剂暴露表面，并可选择标注所属二级结构元素。该注释可用于为 DMS 热图建立逐残基标注轨道、判断变异所在的结构位置，以及结合 SAE 特征变化进行机理解读。
主要能力：调用 Structure_annotate_per_residue，输入 PDB ID、目标链、伙伴链列表、配体残基名，以及可选的距离阈值（默认 5.0 Å）、核心 RSA 阈值（默认 0.25）和是否包含二级结构。返回每个残基的 position、aa、dist_partner、dist_ligand、rsa、region、is_core 等字段。region 可为 interface、ligand、both 或 other。
使用方式：可先用 PDBeSIFTS 或 RCSB 搜索选择合适结构，再运行注释；随后用 UniProt 参考序列核对 PDB 编号偏移，必须在连接下游数据前显式记录偏移。若需二级结构，可设置 include_secondary_structure=True，或单独使用 pdbe_get_entry_secondary_structure。
适用场景：为 DMS 热图添加注释、判断变异是否位于界面或口袋、筛选与配体结合相关的特征、比较埋藏与表面信号。
限制：仅使用单一构象，无法反映替代构象或诱导契合；PDB 编号可能因构建体添加标签或缺失无序末端而偏移，需自行核对；距离阈值是惯例而非绝对标准；freesasa RSA 在小结构上可能超过 1.0；partner_chains 为空时跳过界面分析；仅识别 HETATM 配体，不识别链内修饰残基。多构象或 NMR 比较、未知配体的全结构口袋检测不在本技能范围内。