用途：针对单个错义（编码）变异，整合 5 个独立计算信号，提出具体的功能丧失（LoF）机制假设，而非仅判断是否致病。适用前提是已怀疑或想确认该变异有害，且需要知道“为什么有害”；可用于药物救援策略、基因治疗决策（修复蛋白还是替换蛋白）与临床报告机制叙述。不适用于非编码/调控变异、ACMG 致病性分类、仅看 SAE 特征破坏、癌症特异驱动变异。
主要能力：五层信号各回答不同问题——AlphaMissense_get_variant_score 判断致病性；alphafold_get_prediction 提供结构上下文与 pLDDT；ESM_score_sequence 比较参考与突变序列的 ΔlogP 评估进化合理性；ESM_explain_variant_mechanism（或 ESM_score_variant_sae_disruption 加 ESM_describe_sae_feature）定位被破坏的生物学特征；DynaMut2_predict_stability 给出 ΔΔG。最后按启发式规则归入六类机制：结构稳定性 LoF、直接催化 LoF、结合 LoF、PTM LoF、界面 LoF、机制不明。
使用方式：输入格式为 {accession}_{ref_aa}{position}{alt_aa}（如 P04637_R175H），也可用 UniProt accession 加变异串，或基因符号加变异串；解析用正则 ([A-Z])(\d+)([A-Z])。需 ESM_API_KEY 环境变量，esm 包安装命令 pip install 'esm @ git+https://github.com/evolutionaryscale/esm@ee891c52'，AlphaMissense、AlphaFold、UniProt、DynaMut2 为托管端点无需密钥。流程含解析 accession 与规范序列、五步信号计算、机制综合、证据分级（高/中/低）及固定报告格式。
限制：仅限错义变异，不处理插入缺失、无义与剪接变异；仅用 UniProt 规范异构体；SAE 标签为推断而非人工审编，部分特征可能未分类；DynaMut2 需要 PDB，若覆盖不到突变位点且 pLDDT 低于 50 则稳定性信号不可靠；SAE 窗口为 ±8 残基，无法捕捉长程别构效应；六类映射规则是启发式假设而非临床金标准；SAE 输出受 EvolutionaryScale Cambrian 许可的非商业限制。进阶用户可用需 GPU 的 ThermoMPNN 替代 DynaMut2。