SuperAPI AI 工具集

tooluniverse-phewas

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更新于 10-16 06:48

技能介绍

用途:PheWAS 是 GWAS 的逆操作——固定一个变异或基因,扫描整个表型组。本技能把同一变异/基因放到四个祖先人群加一个基因负荷层中查询,用于复制验证与祖先差异解析。

主要能力:面板包括 UKB-TOPMed(欧洲,GRCh38,phecode 关联)、FinnGen(芬兰,GRCh38,可信集精细定位)、BioBank Japan(日本,GRCh37,表型关联)、TPMI(台湾汉人,GRCh38,基于 ICD 的关联)、Genebass(欧洲 UKB 外显子,基因水平罕见变异负荷)。四个 *_phewas_by_variant 工具与 Genebass 接受 rsID(Genebass 也接受基因符号),坐标与多等位基因由内部经 Ensembl 解析,构建版本差异内部处理。FinnGen_get_variant_finemapping 例外,不接受 rsID,需显式 GRCh38 的 chr:pos:ref:alt 字符串,可先由 UKB-TOPMed 返回的坐标解析。

使用方式:有 rsID 走变异层面板,直接传 rsID;关注基因罕见编码负荷时用 Genebass_gene_burden_phewas,如 burden_set: "pLoF"。示例:UKBTOPMed_phewas_by_variant(rsid="rs7903146", max_pval=5e-8, limit=25);Genebass_gene_burden_phewas(gene="PCSK9", burden_set="pLoF", max_pval=2.5e-6, limit=25)。跨库比较时按人类可读表型概念对齐,而非编码。

判断复制:≥2 个祖先显著且 beta 方向一致为可复制;仅欧洲显著需先看 af 与样本量排除功效不足;仅东亚显著为候选祖先特异信号;beta 方向相反需先核对等位基因编码。pval 返回 0.0 是浮点下溢,代表极强关联而非无关联。

限制:仅报告各库预计算关联,不能自定义表型;TPMI/BBJ 表型目录较粗,缺失可能是未收录;Genebass 仅欧洲;不做自动荟萃分析;FinnGen 可信集与 PheWeb p 值不可同轴比较。