用途:给定多肽序列和观察到的表型(常附带一个实际不结合的假设靶点),推断其可能真实结合的蛋白靶点,并识别脱靶。适用于任意靶点类别,不限于GPCR。
主要能力:靶点类别路由器将多肽分类为GPCR配体、离子通道毒素、蛋白酶底物/抑制剂、细胞因子或生长因子受体、整合素配体、抗菌肽或未知,并据此调整候选枚举策略。核心原则是“查询而非猜测”:每个候选靶点必须来自工具结果(同源命中、家族枚举、表型关联或结构共折叠),并记录工具名与登录号。流程分六阶段:验证工具、表征与基序分类、候选生成(同源、基序到结构域、靶点家族枚举、表型锚定四路取并集)、跨物种界面比对、缩小并排序、可选结构确认、输出报告。
使用方式:仓库scripts/下有两个脚本。deorphanize_peptide.py执行无密钥的候选生成与排序(阶段1–4),支持--sequence或--fasta批量、--hypothesized-target、可重复的--phenotype、--assay-species、--source-species等参数,并有种子、无种子、多表型、批量模式。cofold_screen.py执行阶段5结构确认,需NVIDIA_API_KEY,无密钥时运行干跑并解析受体序列。手动逐阶段参考见references/phases.md。
限制:结构确认步骤受密钥限制;ConoServer工具在撰写时实测不可用(批量XML返回HTTP 403),依赖前应检查其状态;Hemolytik2与PEPlife2不支持按名称搜索,seq过滤为宽松子串匹配,需核对返回序列;非经典或环状肽会被BLAST/PROSITE等误判,需用Norine查询并传--cyclic。输出为内联排序候选报告,含证据分级与湿实验验证建议。