该技能面向通路-疾病遗传学分析，核心目标是把 GWAS 变异映射到生物通路，从而获得机制性理解并发现药物靶点。它适用于回答诸如“根据 GWAS，某疾病中哪些通路被破坏”“某性状的 GWAS 基因中哪些位于可成药通路”“把某个 SNP/变异映射到因果基因和通路”“从某疾病的 GWAS 数据中寻找药物靶点”以及“某基因在某组织中的 eQTL 证据如何”等问题。
在推理原则方面，技能强调基因到通路的推理：GWAS 中发现的基因本身并不能说明哪条通路失调，需要借助 Reactome/KEGG 找出该基因参与的通路，再结合组织表达（GTEx）与疾病生物学判断哪些通路与疾病表型相关。对于非编码变异（占多数），不应默认最近基因为因果基因，需先检查 eQTL 证据。通路汇聚被视作更强证据：多个疾病基因映射到同一通路比单个基因更有说服力；富集分析应优先关注在多个数据库中同时出现的通路。可成药性推理方面，需先用 DGIdb 和 OpenTargets 调查通路成员是否已有获批或临床阶段药物，并区分三类优先事项：已有其他适应症获批药物命中 GWAS 支持靶点（重定位机会）、临床试验药物命中 GWAS 支持靶点（加速验证路径）、有强 GWAS 证据但无现有药物的可成药基因（新靶点机会）。当前技术手段“不可成药”并不等于永久不可成药。
工具选择按阶段组织。第一阶段为疾病解析与 GWAS 收集：可用 OpenTargets_multi_entity_search_by_query_string 解析 EFO/MONDO ID；用 gwas_search_associations、gwas_get_variants_for_trait（p_value_threshold=5e-8）、gwas_get_snps_for_gene 收集信号。需注意 gwas_get_associations_for_trait 已损坏，应改用 gwas_search_associations；gwas_get_snps_for_gene 使用 gene_symbol。第二阶段为变异注释与 eQTL 证据：用 EnsemblVEP_annotate_rsid 注释功能后果和最近基因；用 GTEx_query_eqtl、GTEx_get_expression_summary、GTEx_get_median_gene_expression 查询疾病相关组织中的 eQTL 与表达。第三阶段为通路富集：用 ReactomeAnalysis_pathway_enrichment、Reactome_map_uniprot_to_pathways、Reactome_get_participants、KEGG_get_gene_pathways、kegg_search_pathway、STRING_functional_enrichment、PANTHER_enrichment 跨数据库交叉验证；MetaCyc 当前不可用。第四阶段为可成药性与药物全景：用 DGIdb_get_gene_druggability、DGIdb_get_drug_gene_interactions、OpenTargets_get_associated_drugs_by_target_ensemblID、OpenTargets_target_disease_evidence。
三步工作流为：第一步 GWAS 到因果基因，包括疾病 ID 解析、p<5e-8 命中位点提取、VEP 注释、非编码变异在相关组织中的 eQTL 检查、优先选择既是显著 eQTL 又组织相关的基因，并用 OpenTargets 交叉核对；证据分层为高（GWAS p<5e-8 + 相关组织 eQTL 共定位 + 编码变异）、中（GWAS p<5e-8 + 任何组织 eQTL）、低（GWAS p<5e-8 + 仅位置映射）。第二步基因集到通路富集，包括运行 Reactome 与 STRING 富集、用 KEGG 映射、识别跨数据库汇聚通路，代谢病可加入 humanbase_ppi_analysis（需全部 5 个参数），按 FDR×GWAS 基因数×生物学合理性排序。第三步通路到药物靶点，包括提取通路成员、评估可成药性、查找已有药物、与 GWAS 基因交叉比对，并分类为药物重定位机会、新靶点或当前不可成药。
关键参数注意事项包括：gwas_get_snps_for_gene 用 gene_symbol；OpenTargets_multi_entity_search_by_query_string 用 queryString；GTEx_query_eqtl 的 gene_input 不能为空；GTEx_get_median_gene_expression 使用带版本号的 gencode ID 和 gtex_v8；ReactomeAnalysis_pathway_enrichment 的 identifiers 为空格分隔字符串；DGIdb_get_drug_gene_interactions 用 genes 数组；PANTHER_enrichment 的 gene_list 为逗号分隔字符串；humanbase_ppi_analysis 需全部 5 个参数；EnsemblVEP_annotate_rsid 用 variant_id；kegg_find_genes 需包含 organism="hsa"。限制包括：GTEx eQTL 查询并非正式统计共定位，仅作提示性证据；GWAS Catalog 可能不含最新发表；Reactome 与 KEGG 通路定义不同；DGIdb 可成药性分类为启发式；eQTL 具组织特异性，组织选错可能漏掉因果效应。相关技能包括 gwas-trait-to-gene、gene-enrichment、drug-target-validation、network-pharmacology、variant-functional-annotation。