tooluniverse-nfcore-pipelines

该技能为需要比对/定量、变异检测或染色质可及性分析的实验科学家提供 nf-core 流程的端到端编排，避免手工搭建流程。它明确要求：必须运行真实 Nextflow 流程，不得编造流程结果；运行前必须执行环境检查脚本，若缺少 Docker、Nextflow（>=23.04）或 Java（>=11）则打印安装计划并停止，不能模拟运行。真实数据之前必须先通过测试配置（-profile test），用于验证网络出口、容器拉取和资源限制等端到端可用性。不得臆造流程版本，需固定 -r <version>，不确定时提示用户查看 https://nf-co.re/<pipeline>/releases。流程选择、参考基因组和流程特定选项等决策点须与用户确认，不得静默采用默认值。使用场景包括：将原始 FASTQ（或 BAM/CRAM）实际运行 nf-core 流程得到基因计数、变异或可及性峰；重新分析公共 GEO/SRA 数据集（GSE/GSM/SRR/SRX）；生成或验证 nf-core 格式样本表；诊断失败或卡住的 Nextflow 运行。不适用场景包括：仅对 FASTQ 做质控或接头修剪（转 tooluniverse-fastq-qc）、对已有计数矩阵做差异表达（tooluniverse-rnaseq-deseq2）、解释/注释已有 VCF（tooluniverse-variant-analysis）、单细胞 h5ad/10X 矩阵的质控/聚类（tooluniverse-single-cell）、查找软件/教程（tooluniverse-bioinformatics-resource-discovery）。技能职责止于“流程完成，输出文件在此”，下游解释交给对应技能。环境要求：Docker 或 HPC 用 Singularity/Apptainer、Nextflow>=23.04、Java>=11、足够磁盘（容器镜像+参考基因组+数据，常见数十 GB）、真实运行需可观 CPU/内存/时间；可选 sra-tools 用于按登录号从 SRA 下载。工作流程：步骤0 获取数据（若已有本地 FASTQ 可跳过），使用 ToolUniverse 的 GEO/SRA 工具解析登录号并获取下载链接，或使用 prefetch+fasterq-dump，下载前需确认样本/运行及对应流程；步骤1 运行 check_environment.py，所有关键检查必须通过，失败则报告并停止；步骤2 选择流程（rnaseq/sarek/atacseq），可用 detect_data_type.py 自动建议但需用户确认；步骤3 运行测试配置并验证 multiqc_report.html 和日志中的成功信息，失败则停止并查阅故障排除；步骤4 用 generate_samplesheet.py 生成或验证样本表，sarek 需肿瘤/正常状态；步骤5 确认参考基因组和流程选项后运行，命令包含 -resume，HPC 用 singularity；步骤6 验证输出文件真实存在，并交接下游解释。可选：若 sarek 使用 GIAB 参考样本（HG001-HG007），可用 GIAB_list_directory 浏览 NIST 文件树获取基准 VCF/BED 下载 URL，但比较需外部工具如 hap.py 或 vcfeval，本技能不含比较逻辑。免责声明：nf-core 流程为社区维护（MIT 许可），Nextflow 为 Apache-2.0，本技能仅编排，不修改流程代码，运行前应固定版本并核查最新发布。