用途：对疾病进行跨分子层的系统级表征，回答“哪些分子层失调”，串联基因组突变→转录组变化→蛋白质效应→代谢后果，识别治疗机会与生物标志物候选。
主要能力：按9个阶段顺序执行——疾病消歧（解析为MONDO/EFO标准ID）、基因组层（GWAS关联、ClinVar、基因约束）、转录组层（GTEx、Expression Atlas、HPA）、蛋白质与互作层（STRING、IntAct、HumanBase）、通路与网络层（Reactome、Enrichr、KEGG）、基因本体注释、治疗格局（DGIdb、OpenTargets、临床试验）、多组学整合与报告定稿。强调跨层一致性分析、证据分级（T1临床至T4计算）、多组学置信度评分（0-100）、可成药靶点优先与机制假设生成。
使用方式：输入疾病（名称或MONDO/EFO ID），可选组织与重点层。先做疾病消歧，再逐层分析；工具调用使用英文术语，回答用用户语言。需计算时通过Bash运行Python（pandas、scipy、statsmodels、matplotlib）实际执行而非描述。
限制：不适用于单基因/靶点验证、药物安全画像、通用疾病概览、变异解读、GWAS专项或纯通路分析，应改用对应技能。注意参数陷阱：OpenTargets疾病ID用下划线格式（如MONDO_0004975）；STRING protein_ids与enrichr libs须为数组；HPA_get_rna_expression_by_source需全部3个参数；search_clinical_trials的query_term必填。详细工具参数见tool-reference.md，评分与证据分级见integration-scoring.md。