用途：这是一套整合式宏基因组与微生物组分析流程，面向研究检索、物种类别鉴定、基因组质量评估、微生物组成与临床表型关联，以及通路分析与文献背景解读。
主要能力：可查询 MGnify 处理后的宏基因组研究及分类/功能结果，使用 GTDB 标准化细菌与古菌分类，通过 GMrepo 获取肠道物种与人类健康表型的关联，从 ENA 检索原始测序数据与研究元数据，用 KEGG 做通路映射，并结合 PubMed/EuropePMC、CTD 检索文献与化学-微生物-疾病关系。流程分七个阶段：解析查询、研究发现、分类鉴定、基因组质量、功能注释、临床关联、解读与报告综合。基因组质量按 MIMAG 分高、中、低三档，依据 CheckM 完整度与污染度阈值判断。
使用方式：工具调用使用英文查询词；科学事实不确定时先检索数据库而非凭记忆推断；需要统计或数据处理时通过 Bash 运行 Python 代码实际执行。研究检索阶段 ENA 需结构化查询（如 study_title="IBD"），失败可回退 MGnify；GTDB 命名与 NCBI 存在差异，需注明；GMrepo 须用 MeSH 术语（如 "Crohn Disease"），KEGG 通路 ID 需带物种前缀（hsa、ko、eco）而非裸 map。报告应包含摘要、研究概览、GTDB 分类、功能解读、带证据等级的临床相关性、机制模型、基因组目录与数据缺口。
适用场景：微生物组与疾病关联研究、肠道菌群表型分析、宏基因组功能与通路解释。
限制：GMrepo 仅覆盖肠道；GTDB 仅细菌与古菌；ENA 仅原始数据且查询语法严格；本技能只查询数据库，不做原始 FASTQ/FASTA 序列分析。其他收费、价格与平台信息暂未提供。