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tooluniverse-metabolomics

数据与分析

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更新于 10-16 01:16

技能介绍

用途:该技能用于代谢组学研究,支持代谢物鉴定与注释、代谢组学研究信息检索、按关键词搜索研究,以及生成结构化研究报告。

主要能力:第一阶段对输入的代谢物列表,通过 HMDB 按名称检索 HMDB ID、化学式、分子量、描述与通路,HMDB 不可用时回退到 PubChem 获取 CID 与化学性质。第二阶段对给定研究编号(MTBLS 前缀为 MetaboLights,ST 前缀为 Metabolomics Workbench)自动识别数据库并获取标题、描述、生物体、状态与数据可用性。第三阶段按关键词搜索 MetaboLights 研究,返回匹配编号与预览及结果总数。第四阶段始终包含数据库概览,如 MetaboLights 近期研究样本与集成信息。覆盖数据库包括 HMDB、MetaboLights、Metabolomics Workbench、FooDB、PubChem;其中 FooDB 用 FooDB_get_compound(参数 fdb_id,如 "FDB000004")获取食品化合物结构及跨库引用。

使用方式:输入参数均可选,包括 metabolite_list(字符串列表,如 ["glucose","lactate"])、study_id(以 MTBLS 或 ST 开头)、search_query、organism(默认 "Homo sapiens")、output_file(.md 文件名,默认自动按时间戳生成)。工具在 ToolUniverse 中自动发现加载,无需手动配置。HMDB 为 SOAP 工具,须带 operation 参数:HMDB_search 用 operation="search",HMDB_get_metabolite 用 operation="get_metabolite",不要使用 endpoint 或 method 参数。报告采用增量写入 Markdown,缺失字段以 "N/A" 表示。

适用场景:代谢物注释与通路分析、研究检索与详情获取、跨数据库代谢组学查询、综合研究报告,以及基于质谱的鉴定置信度分级(L1 确认、L2 可能、L3 暂定、L4 未知)与生物标志物推理。

限制:HMDB 可能缺少部分代谢物,需回退 PubChem;部分研究需认证或非公开;报告中代谢物列表超过 10 个会自动限制;API 速率限制可能影响大规模查询;常见错误如 HMDB 返回空结果时属预期并尝试 PubChem 回退。质量信息与具体使用教程暂未提供。